[发明专利]一种基于STR计算混合样本嵌合比例的方法以及系统

说明书

一种基于STR计算混合样本嵌合比例的方法以及系统。本发明涉及一种基于AMELOGENIN基因计算混合样本嵌合比例的方法以及系统。该方法包括：基于AMELOGENIN基因来计算待测样品的嵌合比例，其步骤包括：利用用于扩增所述AMELOGENIN基因的带荧光的引物进行所述待测样品的PCR扩增，从而获取针对所述待测样品的给定数据来计算所述待测样品的嵌合比例。

技术领域

本发明涉及一种基于短串联重复计算混合样本嵌合比例的方法及系统。

背景技术

在利用二代测序技术(NGS)进行胎儿染色体异常的检测案例中，胎儿样本中混有母源的样本时有发生，特别是流产组织样本极易受到母源的污染。这种情况下，信息分析人员很难判定个该样本的真实情况是染色体嵌合还是有母源污染，且样本浓度比例较复杂等问题，使检验结果的分析常存在不确定性。因此迫切需要一种能够鉴别污染、计算嵌合比例的系统以及方法来作为辅助手段，以协助NGS做出正确的判断。

此外，在对流产组织进行检测时往往需要判断该流产组织是否混有母源污染，如果判断该流产组织混有母源污染则会影响对流产组织的结果评估的可靠性。

STR(短串联重复(short tandem repeats))作为一种成熟的一代测序技术在亲子鉴定领域得到广泛应用，STR片段分析的基本原理是同一个体的STR基因型一半来自父亲，一半来自母亲。即在每一处STR，子代的一个等位基因型遗传自父亲，另一个等位基因型遗传自母亲。除同卵双生外，每个人或生物包含的DNA序列是不同的，独一无二的。基于STR的检测原理是利用荧光标记的引物在PCR扩增STR基因座时，使PCR产物的一条链带上荧光标记。这种带有荧光分子的DNA片段在凝胶中从阴极端的激光扫描仪的扫描窗口，荧光染料受到激发，发出一定波长的光，按荧光强度记录下来，每一个带荧光染料的DNA片段电泳轨迹按各自通过激光扫描窗口的实际时间记录下来，以荧光吸收峰来表示每一个片段。峰值越高，表示该片段量越多；峰越早出现，片段越小。因此可以利用该原理根据不同大小片段的峰值高低和不同位点峰数量来判定样本是否为混合样本。

同时，可以利用AMELOGENIN基因的峰值高低或峰面积比值确定样本混合或嵌合比例。

参考文献

非专利文献

Gill P,Sparke R,Pinchin R,et al.Interpreting sipmle STR mixturesusing allele peak areas.Forensic Science International,1998,91:41

Prinz M,Boll K,Baum,et al.Multiplexing of Y chromosome specific STRsand performance for minxed samples.Forensic sicience Inte,trnational,1997,85:209

郑秀芬，纪贵金，刘超等，二组分混合DNA样本STR图谱解释，中国法医学杂志，2000,15,4,：203-207

发明内容

混合样本嵌合比例计算问题在NGS以及在判断流产组织是否受到母源污染的过程中是经常出现的问题，由于技术偏好性问题不仅耗时长，而且很难分辨出样本的真实来源与所占比例。

利用本发明的基于AMELOGENIN基因的分析系统可以简便快速的得到样本的混合情况。利用本发明可以解决以下问题：确定混合样本中的各组分的大体比例；根据标准品等位基因的峰面积比来制作标准曲线，然后拟合出回归方程，将待测样本等位基因的峰面积比代入该回归方程，即可得到组分的比例。

如上所述，本发明涉及如下内容：

1.一种基于短串联重复计算混合样本嵌合比例的方法，其包括：