[发明专利]基于Illumina测序技术检测乙型肝炎分型及多耐药位点的试剂盒及方法有效
申请号: | 201811635320.9 | 申请日: | 2018-12-29 |
公开(公告)号: | CN109609694B | 公开(公告)日: | 2022-03-01 |
发明(设计)人: | 窦同海;高春芳;王曦路;祝海军;陈雯雯;陈静;高惠芳 | 申请(专利权)人: | 上海昂朴生物科技有限公司;中国人民解放军海军军医大学第三附属医院;江苏昂朴医疗科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/6858;C12N15/11 |
代理公司: | 上海华工专利事务所(普通合伙) 31104 | 代理人: | 赵孟琴;缪利明 |
地址: | 201114 上海市闵*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 illumina 技术 检测 乙型肝炎 耐药 试剂盒 方法 | ||
1.一种非诊断目的的基于Illumina测序技术检测乙型肝炎分型及多耐药位点的方法,其特征在于,包括如下步骤:
A:提取检测样本中的HBV基因组DNA;
B:使用第一引物对,对所述HBV基因组DNA进行扩增,以得到第一扩增产物;
C:使用第二引物对和第三引物对,扩增所述第一扩增产物,得到第二、三扩增产物;
D:使用Illumina通用引物对对第二、三扩增产物进行扩增,得到测序文库;
E:对所述测序文库进行质检定量;
F:上机测序得到测序结果;
G:数据分析得到耐药位点及分型相关信息,
其中,第一引物对的序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示,第二引物对的序列如SEQID NO:3和SEQ ID NO:4所示,第三引物对的序列如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示;
其中,所述Illumina通用引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:57和如SEQ ID NO:58所示;
如SEQ ID NO:3和如SEQ ID NO:5所示的引物的5’端均包括第一标签序列,所述第一标签序列具有选自SEQ ID NO:9-32所示的一种核苷酸序列,如SEQ ID NO:4和如SEQ ID NO:6所示的引物的5’端均包括第二标签序列,所述第二标签序列具有选自SEQ ID NO:33-56所示的一种核苷酸序列。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,还包括对步骤D的测序文库进行分离纯化的步骤,分离纯化的方法选自琼脂糖凝胶纯化、磁珠纯化和纯化柱纯化中的至少一种。
3.一种基于Illumina测序技术检测乙型肝炎分型及多耐药位点的试剂盒,其特征在于,包括第一引物对、第二引物对和第三引物对,所述第一引物对的序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示,所述第二引物对的序列分别如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示,所述第三引物对的序列分别如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示;
如SEQ ID NO:3和如SEQ ID NO:5所示的引物的5’端包括第一标签序列,所述第一标签序列具有选自SEQ ID NO:9-32所示的一种核苷酸序列,如SEQ ID NO:4和如SEQ ID NO:6所示的引物的5’端均包括第二标签序列,所述第二标签序列具有选自SEQ ID NO:33-56所示的一种核苷酸序列。
4.一种如权利要求3所述的试剂盒在制备用于检测乙型肝炎病毒耐药位点突变状态的试剂中的应用。
5.一种用于检测乙型肝炎病毒耐药位点突变状态的特异性引物对组合,其特征在于,包括如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的第一引物对、如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的第二引物对以及如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示的第三引物对;如SEQ ID NO:3和如SEQ ID NO:5所示的引物的5’端均包括第一标签序列,所述第一标签序列具有选自SEQ IDNO:9-32所示的一种核苷酸序列,如SEQ ID NO:4和如SEQ ID NO:6所示的引物的5’端均包括第二标签序列,所述第二标签序列具有选自SEQ ID NO:33-56所示的一种核 苷酸序列。
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