[发明专利]用于长程测序的条形码化DNA

权利要求书

1.促进核酸序列组装的方法，所述方法包括：

a）提供包含单链模板核酸的核酸样品；

b）用一条或多条条形码起始引物引发各模板核酸以产生退火的核酸组装体，其中每条条形码起始引物包含3'-模板杂交部分和5'-条形码起始部分；

c）进行聚合酶延伸以产生互补链，所述互补链保持与所述模板核酸退火；

d）进行两轮或多轮偶联寡核苷酸编码单元“可测定的聚合物亚单元”（APS）的分开-合并合成，以在包含条形码区域、引物区域和与靶核酸互补的靶特异性区域的互补链的每一条上组装寡核苷酸条形码序列；

e）对条形码化互补链进行测序；和

f）使用所述条形码序列，鉴定从相同模板核酸产生的条形码化互补链，并从所述条形码化互补链的靶特异性区域组装模板核酸序列。

2.权利要求1的方法，其进一步包括在步骤（b）之前用亲和标签在3'末端对所述单链模板核酸进行末端标记。

3.权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述亲和标签是生物素。

4.前述权利要求中任一项的方法，其中所述3'-条形码起始部分包含随机序列。

5.前述权利要求中任一项的方法，其中步骤c）中的聚合酶延伸包含双脱氧核苷酸。

6.前述权利要求中任一项的方法，其中所述APS包含错误检查子代码（SC），所述错误检查子代码（SC）包含与样品中其他SC至少3个核苷酸不同的约7个核苷酸的确定序列。

7.前述权利要求中任一项的方法，其中每个APS包含随机序列。

8.前述权利要求中任一项的方法，其还包括计数由相同模板核酸产生的条形码化互补链，从而检测所述模板核酸的初始拷贝数的步骤。

9.前述权利要求中任一项的方法，其中所述APS通过与夹板分子退火而偶联。

10.前述权利要求中任一项的方法，其中使用点击化学来偶联所述APS。

11.试剂盒，其包含由以下组成的组分：一组条形码起始引物、一种或多种聚合酶、核苷酸、双脱氧核苷酸、一组可测定的聚合物亚单元（APS）、一种或多种模板分子（夹板）、连接试剂、点击化学偶联试剂、扩增引物和测序引物。

12.权利要求11的试剂盒，其中所述条形码起始引物包含随机引物序列区。

13.权利要求11或权利要求12的试剂盒，其中所述APS的组包含2至20种独特APS。

14.权利要求11-13中任一项的试剂盒，其中所述APS是寡核苷酸。