[发明专利]非整倍性无创产前筛查方法

权利要求书

1.一种通过无创产前筛查(NIPS)检测胎儿中染色体非整倍性的假阳性诊断的方法，其包括

(a)将被诊断为非整倍体的目标染色体分成多个区，每个区具有染色体位置；

(b)获得每个区的区特异性测试参数；

(c)相对于相应区的染色体位置绘制所述区特异性测试参数，以产生所述目标染色体的核型模式图；和

(d)当所述核型模式图在所述目标染色体的少于实质部分上显示一致的区特异性测试参数时，检测假阳性诊断。

2.权利要求1的方法，其中步骤(d)通过当所述核型模式图显示在至少一个区中与剩余的区相比的区特异性测试参数大规模增加时检测假阳性诊断来执行。

3.权利要求2的方法，其中所述大规模增加为至少1.2倍、至少1.5倍、至少2倍、至少2.5倍、至少3倍、至少3.5倍、至少4倍、至少4.5倍、至少5倍、至少5.5倍、至少6倍、至少6.5倍或至少7倍。

4.前述权利要求中任一项的方法，其还包括针对所述目标染色体之外的确认性染色体重复步骤(a)至(d)。

5.前述权利要求中任一项的方法，其中所述实质部分代表超过所述目标染色体的约2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。

6.前述权利要求中任一项的方法，其中所述区特异性参数反映了对应于母体测试样品中的区的遗传物质的相对丰度。

7.前述权利要求中任一项的方法，其中获得所述区特异性测试参数包括对来自怀有所述胎儿的孕妇的母体测试样品的游离DNA测序以提供序列读数。

8.前述权利要求中任一项的方法，其中获得所述区特异性测试参数包括将所述序列读数与包含所述目标染色体的参考基因组的一个或多个区对齐。

9.前述权利要求中任一项的方法，其中获得所述区特异性测试参数包括基于与每个区对齐的序列读数的总数来计算所述区特异性测试参数。

10.前述权利要求中任一项的方法，其中所述区特异性测试参数是归一化的区读数计数。

11.前述权利要求中任一项的方法，其中所述区特异性测试参数通过NIPS产生。

12.前述权利要求中任一项的方法，其中所述方法将对于人21三体、人18三体和/或人13三体的NIPS的阳性预测值(PPV)提高至至少30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。

13.权利要求12的方法，其中对于人21三体的PPV提高至至少93％，对于人18三体的PPV提高至至少72％，和/或对于人13三体的PPV提高至至少39％。

14.权利要求12的方法，其中对于21三体的PPV对于人21三体提高至98％，对于人18三体的PPV提高至92％，和/或对于人13三体的PPV提高至69％。

15.前述权利要求中任一项的方法，其中所述方法将对于人21三体、人18三体和/或人13三体的NIPS的阳性预测值(PPV)提高至少4％、10％、20％、30％、40％和50％。

16.权利要求15的方法，其中对于人21三体的PPV提高至少4％，对于人18三体的PPV提高至少20％，和/或对于人13三体的PPV提高至少30％。

17.前述权利要求中任一项的方法，其中每个区长约50kb。