[发明专利]非整倍性无创产前筛查方法

说明书

本公开文本提供了用于胎儿非整倍性的无创产前筛查(NIPS)的方法。本发明方法基于通过下一代测序(NGS)技术分析在孕妇循环中发现的游离胎儿DNA(cff DNA)。特别地，本发明方法分析母体样品中存在的不同的胎儿基因组片段的相对丰度，其中所述片段可以与胎儿基因组的特定染色体位置对齐。相对丰度信息指示与正常个体相比特定染色体在胎儿基因组中是否过度表示或表示不足，因此可用于检测胎儿非整倍性。另外，还提供了通过排除假阳性检测来增加NIPS的阳性预测值(PPV)的方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年1月11日提交的美国临时申请号62/445,196的权益和优先权，将其披露内容通过引用以其整体并入本文。

技术领域

本公开文本提供了用于胎儿非整倍性的无创产前筛查(NIPS)的方法。本发明方法基于通过下一代测序(NGS)技术分析在孕妇循环中发现的游离胎儿DNA(cff DNA)。特别地，本发明方法分析母体样品中存在的不同的胎儿基因组片段的相对丰度，所述片段可以与胎儿基因组的特定染色体位置对齐。相对丰度信息指示与正常个体相比特定染色体在胎儿基因组中是否过度表示或表示不足，因此可用于检测胎儿非整倍性。另外，还提供了通过排除假阳性检测来增加NIPS的阳性预测值(PPV)的方法。

背景技术

本发明总体上涉及无创产前筛查(NIPS)领域，特别是使用在母体血浆中发现的游离胎儿DNA(cff DNA)的NIPS。由于生物学和技术问题，目前的NIPS方法可能产生假阳性结果，促使医生开具通过创伤性手术的进一步诊断检测，例如羊膜穿刺术或绒毛膜绒毛取样(CVS)，这些都带有与手术相关的流产和其他并发症的风险。有相当多的女性没有接受此类手术，而是在没有进行额外的检测的情况下基于胎儿非整倍性的高风险的NIPS报告终止了妊娠。因此，本领域需要开发新的NIPS方法，特别是那些具有提高的阳性预测值的方法。

发明内容

在一个方面，本文提供了通过无创产前筛查(NIPS)检测胎儿中染色体非整倍性的假阳性诊断的方法。所述方法包括(a)将被诊断为非整倍体的目标染色体分成多个区，每个区具有染色体位置；(b)获得每个区的区特异性测试参数；(c)相对于相应区的染色体位置绘制所述区特异性测试参数，以产生所述目标染色体的核型模式图；和(d)当所述核型模式图在所述目标染色体的少于实质部分上显示一致的区特异性测试参数时，检测假阳性诊断。在一些实施方案中，目标染色体是所检查物种的一个或多个染色体。

在一些实施方案中，检测步骤(d)通过当核型模式图显示在至少一个区中与剩余的区相比的区特异性测试参数大规模增加时检测假阳性诊断来执行。特别地，在一些实施方案中，所述大规模增加为至少1.2倍、至少1.5倍、至少2倍、至少2.5倍、至少3倍、至少3.5倍、至少4倍、至少4.5倍、至少5倍、至少5.5倍、至少6倍、至少6.5倍或至少7倍。

在一些实施方案中，所述方法还包括针对目标染色体之外的确认性染色体重复步骤(a)至(d)。特别地，在一些实施方案中，所述确认性染色体是所检查物种的一个或多个染色体。

在一些实施方案中，所述目标染色体的实质部分代表超过目标染色体的约2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。

在一些实施方案中，所述区特异性参数反映了对应于母体测试样品中的区的遗传物质的相对丰度。特别地，在一些实施方案中，获得所述区特异性测试参数包括对来自怀有胎儿的孕妇的母体测试样品的游离DNA测序以提供序列读数。在一些实施方案中，获得所述区特异性测试参数包括将序列读数与包含目标染色体的参考基因组的一个或多个区对齐。在一些实施方案中，获得所述区特异性测试参数包括基于与每个区对齐的序列读数的总数来计算所述区特异性测试参数。在一些实施方案中，所述区特异性测试参数是归一化的区读数计数。在一些实施方案中，所述区特异性测试参数通过NIPS产生。