[发明专利]通过管内杂交与通用标签-微阵列的组合的突变的基因分型在审
| 申请号： | 201880022137.3 | 申请日： | 2018-03-30 |
| 公开（公告）号： | CN110678557A | 公开（公告）日： | 2020-01-10 |
| 发明（设计）人： | 玛赛拉·基亚里;弗朗西斯科·达明;西尔维亚·加尔比亚蒂;莫里齐奥·费拉里 | 申请（专利权）人： | 玛赛拉·基亚里;弗朗西斯科·达明;西尔维亚·加尔比亚蒂;莫里齐奥·费拉里 |
| 主分类号： | C12Q1/6827 | 分类号： | C12Q1/6827;C12Q1/6837 |
| 代理公司： | 72001 中国专利代理(香港)有限公司 | 代理人： | 李唐;黄希贵 |
| 地址： | 意大*** | 国省代码： | 意大利;IT |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 单链扩增产物 杂交 微阵列探针 寡核苷酸 目标基因片段 报道分子 捕获探针 扩增产物 突变等位基因 第二结构域 第一结构域 癌症基因 临床样品 起始材料 突变检测 阵列杂交 癌基因 结构域 密码子 微阵列 检测 分型 偶联 优选 突变 通用 研究 | ||
1.目标基因片段的测定方法，其包括：
扩增至少一种包含或可能包含至少一种目标SNP区域的目标基因片段，以形成初始扩增产物；
从初始扩增产物形成至少一种单链扩增产物，其中所述单链扩增产物包含或可能包含至少一种目标SNP区域；
在溶液中将所述单链扩增产物与至少一种报道分子杂交，所述报道分子包含寡核苷酸的至少两个不同的结构域，其中寡核苷酸的第一结构域用于与单链扩增产物杂交，并且其中寡核苷酸的第二结构域用于与至少一种微阵列探针表面杂交，其中所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
将杂交单链扩增产物的溶液与至少一种微阵列探针表面接触，所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
检测所述微阵列表面上杂交单链扩增产物的存在。
2.目标基因片段的测定方法，其包括：
扩增至少一种包含或可能包含至少一种目标SNP区域的目标基因片段，以形成初始扩增产物，其中待扩增的片段在扩增中引发以使得能够（1）在测定的后续步骤中将初始扩增产物的一条单链与另一条单链分离，和（2）在测定的后续步骤中检测分离的单链；
从初始扩增产物中分离至少一种单链扩增产物，其中单链扩增产物包含或可能包含至少一种目标SNP区域；
在溶液中将单链扩增产物与至少一种报道分子杂交，所述报道分子包含寡核苷酸的至少两个不同的结构域，其中寡核苷酸的第一结构域用于与单链扩增产物杂交，并且其中寡核苷酸的第二结构域用于与至少一种微阵列探针表面杂交，其中所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
将杂交单链扩增产物的溶液与至少一种微阵列探针表面接触，所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
检测所述微阵列表面上杂交单链扩增产物的存在。
3.目标KRAS、NRAS、BRAF和/或PIK3CA癌基因片段的测定方法，其包括：
扩增至少一种包含或可能包含至少一种目标SNP区域的目标KRAS、NRAS、BRAF和/或PIK3CA癌基因片段，以形成初始扩增产物；
使用变性和偶联至珠粒，从初始扩增产物形成至少一种单链扩增产物，其中所述单链扩增产物包含或可能包含至少一种目标SNP区域，其中任选地，将分离的单链扩增产物在进一步杂交前稳定；
在溶液中将所述单链扩增产物与至少一种报道分子杂交，所述报道分子包含寡核苷酸的至少两个不同的结构域，其中寡核苷酸的第一结构域用于与单链扩增产物杂交，并且其中寡核苷酸的第二结构域用于与至少一种微阵列探针表面杂交，并且其中杂交步骤包括施加覆盖至少两种不同杂交温度的温度梯度，并且其中所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
将杂交单链扩增产物的溶液与至少一种微阵列探针表面接触，所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
用荧光检测所述微阵列表面上杂交单链扩增产物的存在。
4.目标KRAS、NRAS、BRAF和/或PIK3CA癌基因片段的测定方法，其包括：
扩增至少一种包含或可能包含至少一种目标SNP区域的目标KRAS、NRAS、BRAF和/或PIK3CA癌基因片段，以形成初始扩增产物，其中待扩增的片段在扩增中引发以使得能够（1）在测定的后续步骤中通过与珠粒偶联，将初始扩增产物的一条单链与另一条单链分离，和（2）在测定的后续步骤中通过荧光检测检测分离的单链；
使用变性和偶联至珠粒从初始扩增产物中分离至少一种单链扩增产物，其中单链扩增产物包含或可能包含至少一种目标SNP区域，其中任选地，将分离的单链扩增产物在进一步杂交前稳定；
在溶液中将单链扩增产物与至少一种报道分子杂交，所述报道分子包含寡核苷酸的至少两个不同的结构域，其中寡核苷酸的第一结构域用于与单链扩增产物杂交，并且其中寡核苷酸的第二结构域用于与至少一种微阵列探针表面杂交，并且其中杂交步骤包括施加覆盖至少两种不同杂交温度的温度梯度，并且其中所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
将杂交单链扩增产物的溶液与至少一种微阵列探针表面接触，所述微阵列探针表面包含至少一种捕获探针以允许杂交；
用荧光检测所述微阵列表面上杂交单链扩增产物的存在。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于玛赛拉·基亚里;弗朗西斯科·达明;西尔维亚·加尔比亚蒂;莫里齐奥·费拉里，未经玛赛拉·基亚里;弗朗西斯科·达明;西尔维亚·加尔比亚蒂;莫里齐奥·费拉里许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
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