[发明专利]整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息的方法

说明书

本发明提供整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息的方法。更具体而言，本发明使用包括下述工序的方法：准备多个隔室，每1个隔室包含单个细胞或来源于其的物质、第一微珠、和第二微珠；在准备各隔室前或在各隔室中，对单个细胞的非破坏性测量信息和第一微珠的成像信息一同进行检测，将单个细胞的非破坏性测量信息与第一微珠的成像信息进行关联；得到杂交复合物；制造来源于该杂交复合物的扩增产物；整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息。

相关申请参考

本专利申请主张基于2017年5月2日提出申请的日本专利申请2017-091961号的优先权，该在先专利申请的全部公开内容通过引用而成为本说明书的一部分。

技术领域

本发明涉及整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息的方法。

背景技术

细胞是构成生物的最小单位。以往，仅针对细胞群尝试阐明生物的功能、结构、形态等。然而，最近的研究中发现，在癌组织等的类似的细胞类型中，每个细胞的基因表达也各不相同，是多样的，产生了对每一个细胞的基因表达等进行阐明的需要。

因此，当前，作为检测来源于一个细胞的转录产物的方法，下述方法是已知的：使用结合有包含条形码(barcode)序列的寡核苷酸的微珠，利用测序技术得到细胞的遗传信息的数据。(专利文献1、非专利文献1)

另一方面，为了确定细胞的形态学信息而使用以显微镜为代表的成像技术是已知的。通过利用显微镜或成像细胞仪等成像技术，可得到每一个细胞的非破坏性测量信息。

然而，利用上述的成像技术和测序技术测得的细胞的数据仅能够通过选择性且物理性的细胞分选来进行关联。例如，为了得到成像的细胞的基因组的信息，需要针对各个细胞独立实施物理性地捕捉单个细胞并进行区室化、使细胞溶解并扩增核酸的工艺。这样的方法通量低且成本高。因此，难以将单个细胞的非破坏性测量信息与遗传信息相关联。

此外，目前，通过目视对利用成像技术拍摄的细胞形态信息进行评价。即使今后利用机器学习技术推进判别，也仍然需要对该判别的妥当性进行评价。在当前的情况下，只能对通过目视等观察到的单个细胞进行物理分选，实施与基因、其他诊断技术之间的比较。

在这样的技术背景之下，为了促进对单个细胞的非破坏性测量信息与基因组相关信息的相互利用、及提高各信息间的价值，可以说需求整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息的手段。

现有技术文献

非专利文献

非专利文献1：E.Z.Macosko等，Highly Parallel Genome-wide ExpressionProfiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets.Cell.161,1202-1214(2015)

专利文献

专利文献1:WO2015/166768

发明内容

本发明的目的在于整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息。

本申请的发明人此次发现，若使1个隔室(compartment)中与单个细胞或来源于其的物质一同包含与条形码核酸连接的多个微珠，在将单个细胞的非破坏性测量信息及微珠的成像信息相关联的基础上测定基因组相关信息并进行关联，则能够整体性且高效地检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息。另外，单个细胞的非破坏性测量信息与微珠的成像信息之间的关联也可在被包含于隔室前的单个细胞与所述微珠之间进行。本发明是基于上述见解完成的。

本发明包括以下的发明。

(1)整体性检测单个细胞的非破坏性测量信息和基因组相关信息的方法，所述方法包括下述工序：