[发明专利]从无细胞核酸生成背景等位基因频率分布及检测突变的方法

权利要求书

1.一种从无细胞核酸获得的序列分析数据中生成背景等位基因的频率分布的方法，其特征在于，所述方法包括：

从无细胞核酸获得对染色体中至少一个位置的第一序列分析数据；

从分离自细胞的核酸获得对所述染色体中至少一个位置的第二序列分析数据；

根据所述第二序列分析数据，生成对所述染色体中至少一个位置的背景等位基因检测的频率分布；以及

将所述第二序列分析数据的所述背景等位基因检测的频率分布预测为对第一序列分析数据的背景等位基因的频率分布，

其中所述背景等位基因是（1）不是参考基因组的等位基因、（2）不是由于生殖细胞突变引起的等位基因，或（3）不是受试个体自身基因型的等位基因。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法包括：

在获得所述第二序列分析数据之前，对从所述细胞分离的核酸进行片段化。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，

所述片段化通过物理、化学、热、光学、超声波或酶促来切割从细胞分离的核酸。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述超声波切割通过施加50W至160W的超声波10秒至300秒来进行。

5.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述片段化的核酸的大小为200bp以上。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分离自细胞的核酸和所述无细胞核酸来自相同个体或不同个体。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分离自细胞的核酸从血细胞、口腔上皮细胞、毛囊细胞、皮肤成纤维细胞或其组合中分离。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述无细胞核酸存在于血液、血浆、血清、尿液、唾液、粘膜分泌物、痰、粪便、眼泪或其组合。

9.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述无细胞核酸为循环肿瘤核酸。

10.一种从无细胞核酸中检测突变的方法，其特征在于，所述方法包括：

从无细胞核酸获得对染色体中至少一个位置的第一序列分析数据；

从分离自细胞的核酸获得对所述染色体中至少一个位置的第二序列分析数据；

根据所述第二序列分析数据，生成对所述染色体中至少一个位置的背景等位基因检测的频率分布；

将所述第二序列分析数据的所述背景等位基因检测的频率分布预测为对第一序列分析数据的背景等位基因的频率分布；以及

将对所述第一序列分析数据中所述染色体中至少一个位置的任何等位基因的频率与对其对应位置的所述背景等位基因检测的频率分布进行比较并检测突变，

其中检测突变包括：

当对在所述第一序列分析数据中所述染色体中至少一个位置的任何等位基因的频率小于等于对其对应位置的所述背景等位基因检测的频率分布时，确定所述等位基因不是显着的突变，

其中所述背景等位基因是（1）不是参考基因组的等位基因、（2）不是由于生殖细胞突变引起的等位基因，或（3）不是受试个体自身基因型的等位基因。