[发明专利]从无细胞核酸生成背景等位基因频率分布及检测突变的方法

说明书

本发明提供一种从无细胞核酸获得的序列分析数据中生成背景等位基因的频率分布的方法、根据所述方法建构的背景等位基因的频率分布矩阵以及使用所述方法从无细胞核酸中检测突变的方法。据此，由于为了消除生殖细胞突变，可以使用从分离自受试个体自身的细胞核酸获得的序列分析数据来从无细胞核酸获得的序列分析数据中生成背景等位基因的频率分布，因此具有可以节省成本和时间的优点。

技术领域

本发明提供一种用于从无细胞核酸获得的序列分析数据中生成背景等位基因的频率分布的方法和装置、根据所述方法的背景等位基因的频率分布矩阵以及使用所述方法从无细胞核酸中检测突变的方法和装置。

背景技术

基因组（genome）是指生物体拥有的所有遗传信息。为了对任一个体的基因组进行测序（sequencing）或序列分析，正在开发如DNA芯片、下一代测序（NGS，Next GenerationSequencing）和下下一代测序（NNGS，Next Next Generation Sequencing）等的各种技术。NGS被广泛用于研究和诊断的目的。NGS取决于设备的类型，但大致可分为采样、文库制备和核酸序列分析的三个步骤。在核酸序列分析之后，基于生成的序列分析数据检测是否存在遗传突变。

由于在聚合酶链反应（PCR，polymerase chain reaction）期间聚合酶所引起的错误和在核酸序列分析期间荧光检测所引起的错误等，目前NGS的序列分析错误率为0.1％至1％，所述错误的问题在于抑制以低于序列分析错误率的频率存在的稀有突变的检测。为了克服所述问题，有必要增加需要在序列分析过程中进行突变分析的试料的数量，或者执行几次序列分析。但所述方法的序列分析费用非常昂贵，并且需要大量试料。

另一方面，在文库的制备方法中，通过改善衔接子序列和/或条形码序列而显着增加读段数来检测稀有突变的方法是已知的（大韩民国公开号10-2016-0141680A）。但对于如何减少在文库制备和序列分析步骤以外的其他步骤中可能发生的错误知之甚少。

因此，需要一种能够在最小化成本消耗的同时准确地检测稀有突变的方法。

发明内容

技术方案

本发明的一方面提供一种从无细胞核酸获得的序列分析数据中生成背景等位基因的频率分布的方法。

所述方法可以包括：从无细胞核酸获得对染色体中至少一个位置的第一序列分析数据；从分离自细胞的核酸获得对所述染色体中至少一个位置的第二序列分析数据；根据所述第二序列分析数据，生成对所述染色体中至少一个位置的背景等位基因检测的频率分布；以及将所述背景等位基因检测的频率分布预测为对第一序列分析数据的背景等位基因的频率分布。

所述方法可以包括：从无细胞核酸获得对染色体中至少一个位置的第一序列分析数据；以及从分离自细胞的核酸获得对所述染色体中至少一个位置的第二序列分析数据。所述方法可以包括：从分离自细胞的核酸和无细胞核酸获得对染色体中至少一个位置的第一序列分析数据。可以同时或顺序地执行获得所述第一序列分析数据的步骤和获得所述第二序列分析数据的步骤。