[发明专利]生物样本核酸质量的测定方法在审
申请号: | 201880036969.0 | 申请日: | 2018-04-04 |
公开(公告)号: | CN110709522A | 公开(公告)日: | 2020-01-17 |
发明(设计)人: | 慎英基;金J.J;金成洙;崔贤贞;文永镐;金明仙;金知垠 | 申请(专利权)人: | 建喾立嗣股份公司;碌园BIO融合研究财团 |
主分类号: | C12Q1/686 | 分类号: | C12Q1/686;C12Q1/6886;G16B20/50;G16B40/10 |
代理公司: | 31236 上海汉声知识产权代理有限公司 | 代理人: | 胡晶 |
地址: | 韩国首尔市九老区数码路24*** | 国省代码: | 韩国;KR |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 生物样本 靶向基因 引物 定量聚合酶链反应 基因分析 基因突变 结果呈现 客观评价 临床研究 突变量 核酸 扩增 制备 诊疗 标准化 检测 | ||
1.一种生物样本核酸质量的测定方法,包括:
步骤(a)从个体获取的生物样本中提取核酸;
步骤(b)用能够扩增内部质量对照位点(internal quality controlregion)的i)引物或ii)一组引物和探针对所述提取的核酸进行PCR;
步骤(c)根据所述PCR结果测算内部质量对照位点的拷贝数(copy number);
步骤(d)根据以下公式计算内部对照组质量指数(internal quality controlregion,iQC index):
内部对照组质量指数=所述内部质量对照位点的拷贝数/所述PCR的输入DNA(inputDNA)拷贝数;
步骤(e)当所述内部对照组质量指数高于预定阈值,则认为所述样品的核酸质量是合理的,或者当所述内部对照组质量指数越接近1时,则认为所述样品的核酸质量优异。
2.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述生物样本是选自细胞株、组织学切片、活检标本、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织、体液、粪便、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞和从血液中分离的细胞群组中的一种或多种。
3.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述内部质量对照位点位于包含靶基因或突变位点的基因内。
4.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述内部质量对照位点位于和靶基因或突变位点相邻近的位点。
5.根据权利请求项4,所提供方法的特征是:所述邻近位点是位于20kb(kilobase)以内的位点。
6.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述内部质量对照位点有1个或2个以上。
7.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述引物在对已知内部质量对照位点拷贝数的标准(reference standard)物质进行定量PCR时,[经检测的所述内部质量对照位点的拷贝数/所述标准物质的输入DNA拷贝数]是0.90~1.10的引物。
8.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述PCR是数字PCR。
9.根据权利请求项1,所提供方法的特征是,所述阈值选自0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、0.30、0.31、0.32、0.33、0.34、0.35、0.36、0.37、0.38、0.39、0.40、0.41、0.42、0.43、0.44、0.45、0.46、0.47、0.48、0.49、0.50、0.51、0.52、053、0.54、0.55、0.56、0.57、0.58、0.59、0.60、0.61、0.62、0.63、0.64、0.65、0.66、0.67、0.68、0.69、0.70、0.71、0.72、0.73、0.74、0.75、0.76、0.77、0.78、0.79、0.80、0.81、0.82、0.83、0.84、0.85、0.86、0.89和0.90组成的群组。
10.根据权利请求项1,所提供方法的特征是:所述核酸质量合理是指核酸质量适合于实时聚合酶链式反应(real-time PCR)、数字PCR(digitalPCR)、基因测序(genomesequencing)、焦磷酸测序(pyrosequencing)和下一代测序(next generationsequencing)群组中任意一种分析。
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