[发明专利]用于改进编索引的核酸文库中的样品鉴定的组合物和方法

权利要求书

1.一种组合物，所述组合物包含：

第一多于一个衔接子-靶-衔接子分子以及外切核酸酶，所述第一多于一个衔接子-靶-衔接子分子包含从第一来源分离的双链靶片段，

其中所述衔接子包括第一样品特异性通用衔接子，

其中所述第一样品特异性通用衔接子包含

(i)双链核酸区域，和

(ii)包含至少一个通用引物结合位点的单链非互补核酸链区域，

其中所述第一样品特异性通用衔接子还包含第一组样品特异性标签序列，所述第一组样品特异性标签序列将所述第一多于一个衔接子-靶-衔接子分子与源于不同来源的衔接子-靶-衔接子分子区分开，所述第一组样品特异性标签序列存在于所述单链非互补核酸链中。

2.根据权利要求1所述的组合物，所述组合物还包含未附接至靶片段的第一样品特异性通用衔接子。

3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述单链非互补核酸链区域还包含至少一个通用延伸引物结合位点。

4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述外切核酸酶包括偏好在所述双链核酸区域的5’末端处包含5’磷酸的双链DNA的5’至3’DNA外切核酸酶活性，或偏好在所述5’末端处包含5’磷酸的单链DNA的5’至3’DNA外切核酸酶活性。

5.根据权利要求4所述的组合物，其中所述外切核酸酶是λ外切核酸酶。

6.根据权利要求1所述的组合物，其中所述外切核酸酶包括5’至3’DNA外切核酸酶活性和3’至5’DNA外切核酸酶活性。

7.根据权利要求6所述的组合物，其中所述衔接子-靶-衔接子分子在每一个3’末端处包含阻断所述3’至5’DNA外切核酸酶活性的修饰。

8.根据权利要求7所述的组合物，其中所述修饰包括至少一个硫代磷酸酯连接。

9.根据权利要求6所述的组合物，其中所述衔接子-靶-衔接子分子在链的5’末端处包含阻断所述5’至3’DNA外切核酸酶活性的修饰，所述链是所述单链非互补核酸链的区域的一部分。

10.根据权利要求9所述的组合物，其中所述修饰包括至少一个硫代磷酸酯连接。

11.根据权利要求1所述的组合物，其中所述外切核酸酶包括任选地偏好平末端的和/或具有凹进的3’末端的双链DNA的3’至5’DNA外切核酸酶活性。

12.根据权利要求1所述的组合物，所述组合物还包含第二多于一个衔接子-靶-衔接子分子，所述第二衔接子-靶-衔接子分子包含从第二来源分离的双链靶片段，

其中所述衔接子包含第二样品特异性通用衔接子，所述第二样品特异性通用衔接子包含第二组样品特异性标签序列，所述第二组样品特异性标签序列将所述第一多于一个衔接子-靶-衔接子分子和所述第二多于一个衔接子-靶-衔接子分子区分开。

13.根据权利要求12所述的组合物，其中所述第二样品特异性通用衔接子还包含(i)双链核酸区域和(ii)包含至少一个通用引物结合位点的单链非互补核酸链区域。

14.根据权利要求12所述的组合物，其中所述第一多于一个衔接子-靶-衔接子分子和所述第二多于一个衔接子-靶-衔接子分子或其组合的3’末端被封闭。

15.根据权利要求2所述的组合物，其中所述未附接至靶片段的第一样品特异性通用衔接子的3’末端被封闭。

16.根据权利要求1所述的组合物，所述组合物还包含末端脱氧核苷酸转移酶、ddNTP、DNA聚合酶或其组合。