[发明专利]使用CRISPR/Cpf1在T细胞中进行基因编辑的组合物和方法

说明书

本发明包括用于修饰原代T细胞的组合物和方法。在一个方面，本发明包括向细胞施用茎环成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(st‑crRNA)和Cpf1酶。

相关申请的交叉引用

本申请根据35U.S.C.§119(e)有权享有在2017年5月4日提交的美国临时专利申请号62/501,371的优先权，其通过引用以其全部并入本文。

关于联邦资助的研究或开发的声明

本发明在美国国立卫生研究院给予的2R01CA120409下利用政府支持完成。政府拥有本发明中的某些权利。

背景技术

治疗癌症的早期嵌合抗原受体(CAR)T细胞临床数据已显示出令人鼓舞的结果，但对癌症和传染性疾病的CAR免疫疗法的进展受到缺乏易于获得的、有效的抗原和患者特异性T淋巴细胞的阻碍。对患者的高度个性化的CAR T细胞免疫疗法治疗可能相当昂贵且耗时。来自患有晚期疾病的患者的自体T细胞可能功能受损并且对所需抗原具有耐受性，从而迫使对同种异体供体来源的T细胞进行修饰。并且，在注入的同种异体T细胞上的内源性αβT细胞受体可识别接受者中的主要和次要组织相容性抗原，从而导致移植物抗宿主疾病(GVHD)。结果，注入自体CAR T细胞的大多数目前临床试验都依赖免疫耐受来防止正常组织在过继转移后的TCR介导的有害识别。这种方法已经取得了早期的临床成功，但是受到制造患者特异性T细胞产品所需的时间和费用的限制。因此，需要更安全的修饰T细胞，同时将制造患者特异性T细胞产品的时间和费用最小化的方法。

尽管一些报道已经声称已经成功产生了通过破坏TCR表达而避免GVHD的通用T细胞，但同种异体T细胞仍然可以通过识别HLA-A分子而被宿主的免疫系统排斥。由于操纵多个基因的复杂靶向策略，以及ZFN和TALEN在T细胞中的低效率，迄今为止，尚无研究可同时实现预防GVHD和宿主对抗移植物反应的目标。为了产生真正的通用CAR T细胞，必须实现完全清除TCRα,β链和β-2微球蛋白。

T细胞基因组工程化对用于癌症、HIV、原发性免疫缺陷和自身免疫性疾病的基于细胞的疗法具有广阔的前景，但是人T细胞的基因操作一直具有挑战性。CRISPR/Cas9技术正在促进包括T细胞在内的许多细胞类型中的基因组工程化，但是CRISPR/Cpf1在人T细胞中的基因编辑能力仍然不理想。

存在对用于原代人T细胞中的治疗基因组工程化的新的组合物和方法的需要。本发明满足了该需要。

发明内容

如本文所描述，本发明涉及用于基因编辑的组合物和方法。

本发明的一个方面包括基因编辑的方法，其包括向细胞施用包括茎环成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(st-crRNA)的外源核酸和编码Cpf1酶的外源核酸。

本发明的另一个方面包括通过基因编辑产生修饰的T细胞的方法。该方法包括向T细胞施用包括st-crRNA的外源核酸和编码Cpf1酶的外源核酸。

本发明的又另一个方面包括基因修饰的细胞，所述基因修饰的细胞包括编码st-crRNA的外源核酸和编码Cpf1酶的外源核酸。

本发明的仍另一个方面包括过继性细胞转移疗法的方法。该方法包括向有需要的对象施用包括本发明的修饰细胞的修饰细胞群。

在另一方面，本发明包括治疗对象中疾病或病症的方法。该方法包括向有需要的对象施用包括本发明的修饰细胞的修饰细胞群。

在以上方面或本文叙述的本发明的任意其他方面的各种实施方式中，细胞是T细胞。在一个实施方式中，T细胞是原代T细胞。

在一个实施方式中，施用包括使外源核酸电穿孔进入细胞。在一个实施方式中，进行多次电穿孔。