[发明专利]使用聚合微管蛋白纯化核酸的方法和工具

权利要求书

1.一种用于纯化样品中的核酸分子的方法，至少包括以下步骤：

a)在有效条件下使所述样品与至少一种微管蛋白和一种或多种包含核酸结合部分和聚合微管蛋白结合部分的核酸捕获蛋白接触，以与结合所述待纯化核酸的所述核酸捕获蛋白复合形成聚合微管蛋白；和

回收所述结合核酸分子的核酸捕获蛋白，从而纯化所述核酸分子。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸分子是RNA分子，并且所述核酸捕获蛋白是RNA捕获蛋白。

3.根据权利要求1或2所述的纯化核酸分子方法，其中在步骤a)中：

-在固定于聚合微管蛋白上之前，将所述核酸捕获蛋白体外添加到所述样品中；或

-所述样品包含表达所述核酸捕获蛋白的细胞或其细胞裂解液。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在适合于微管蛋白聚合的条件下将所述核酸捕获蛋白固定于微管蛋白上。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述包含在核酸捕获蛋白中的聚合微管蛋白结合部分包含存在于选自下组的蛋白中的一个或多个微管结合域(MBD)：Tau、MAP1A、MAP2、MAP4、MAP6和EB1。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述包含在核酸捕获蛋白中的核酸结合部分包含一个或多个选自下组的核酸结合域：TDP43、FUS、TAF15、NF45/NF90、DDX6、hnNRPA1、DHX36、FMRP、HuD、hnRNP L、HUR、G3BP1、Lin28A、Lin28B、AGO、HuR、METTL3、METTL14、FTO、ALKBH、YTHDF1–3、PABP1和YBX1。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中核酸捕获蛋白包含位于核酸结合部分和聚合微管蛋白结合部分之间的接头区。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤b)包括在真核细胞中表达一种或多种核酸捕获蛋白。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括收集与核酸捕获蛋白复合的核酸分子的步骤。

10.一种表征(优选测序)样品中的核酸分子的方法，至少包括以下步骤：

a)在有效条件下使所述样品与至少一种微管蛋白和一种或多种包含核酸结合部分和聚合微管蛋白结合部分的核酸捕获蛋白接触，以与结合所述待纯化核酸的所述核酸捕获蛋白复合形成聚合微管蛋白；

b)回收所述结合核酸分子的核酸捕获蛋白，从而纯化所述核酸分子；和

c)表征(优选测序)所述纯化的核酸分子。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括收集所述结合核酸捕获蛋白的核酸分子的步骤。

12.一种用于比较两个样品之间的靶核酸分子的量的方法，至少包括以下步骤：

a)通过使用选择的核酸捕获蛋白对第一样品施加根据前述权利要求中任一项所述的纯化核酸分子的方法，以获得纯化的靶核酸分子的第一集合，

b)通过使用与步骤a)中使用的相同的选择的核酸捕获分子对第二样品施加根据前述权利要求中任一项所述的纯化核酸分子的方法，以获得纯化的靶核酸分子的第二集合，和

c)测定分别包含在所述纯化的靶核酸分子的第一集合和所述纯化的靶核酸分子的第二集合中的靶核酸分子的量。

13.一种制备用于纯化样品中所含的核酸分子的亲和载体的方法，包括将一种或多种核酸捕获蛋白固定于聚合微管蛋白上的体外步骤；其中所述核酸捕获蛋白包含核酸结合部分和聚合微管蛋白结合部分，从而提供所述用于纯化核酸分子的亲和载体。