[发明专利]用于高通量测序的快速文库构建在审
申请号: | 201880058442.8 | 申请日: | 2018-07-17 |
公开(公告)号: | CN111133135A | 公开(公告)日: | 2020-05-08 |
发明(设计)人: | J·邓纳姆 | 申请(专利权)人: | 希昆斯生物科学公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12N9/22;C12N15/10;C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B70/00;C40B80/00 |
代理公司: | 广州嘉权专利商标事务所有限公司 44205 | 代理人: | 黄琳娟 |
地址: | 美国加利*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 通量 快速 文库 构建 | ||
1.制备高通量测序文库的方法,其包含以下步骤:
A.从多个多核苷酸中产生双链片段;
B.使片段的末端绽裂以暴露单链区域;
C.使寡核苷酸探针与单链区域杂交以形成双链双链体,其中探针包含可切割的:
(1)5'化学活性基团;
(2)3'化学活性基团;或
(3)5'和3'化学活性基团;以及
其中所述探针的长度至少等于绽裂片段的暴露的单链区域;
D.使所述双链双链体与至少一种切割剂接触以切割化学活性基团,以在双链双链体中产生单链3'悬突、单链5'悬突,或单链3'和5悬突;以及
E.将至少两组双链DNA接头连接至所述双链双链体,其中
(1)第一组接头中的接头包括以下中的至少一种:
i.与双链双链体的3'单链悬突的悬突末端互补的3'悬突,如果存在的话;或者
ii.与双链双链体的5'单链悬突的悬突末端互补的5'悬突,如果存在的话,
和
(2)第二组接头中的接头包括以下中的至少一种:
i.与双链双链体的3'单链悬突的悬突末端互补的3'悬突,如果存在的话;
ii.与双链双链体的5'单链悬突的悬突末端互补的5'悬突,如果存在的话,或者
iii.连接到双链双链体的平末端的平末端,如果存在的话。
2.根据权利要求1所述的制备高通量测序文库的方法,其中:所述探针包含5'化学活性基团;
所述至少一种切割剂切割5'化学活性基团;
所述第一组接头中的接头包含与双链双链体的3'单链悬突的悬突末端互补的3'悬突;
所述第二组接头包含连接至双链双链体的平末端的平末端。
3.根据权利要求1所述的制备高通量测序文库的方法,其中:所述探针包含3'化学活性基团;
所述至少一种切割剂切割3'化学活性基团;
所述第一组接头中的接头包含与双链双链体的所述5'单链悬突的悬突末端互补的5'悬突;
所述第二组接头包含连接至双链双链体的平末端的平末端。
4.根据权利要求1所述的制备高通量测序文库的方法,其中:所述探针包含3'和5'化学活性基团;
至少一种切割剂切割3'化学活性基团,并且至少一种切割剂切割5'化学活性基团;
所述第一组接头中的接头包含与双链双链体的5'单链悬突的悬突末端互补的5'悬突;
所述第二组接头包含与双链双链体的3'单链悬突的悬突末端互补的3'悬突。
5.根据权利要求1所述的方法,其中双链多核苷酸片段是随机产生的。
6.根据权利要求5所述的方法,其中双链多核苷酸片段是酶促产生的。
7.根据权利要求5所述的方法,其中双链多核苷酸片段是通过超声破碎产生的。
8.根据权利要求5所述的方法,其中双链多核苷酸片段的长度为50-1000个碱基对(bp)。
9.根据权利要求8所述的方法,其中双链多核苷酸片段的长度为100-800bp。
10.根据权利要求1所述的方法,其中绽裂片段的暴露的单链区域的长度为6-12个核苷酸。
11.根据权利要求1所述的方法,其中所述寡核苷酸探针包含:脱氧核苷酸(dNTP);dNTP/三磷酸核糖核苷酸(rNTP)杂交体;肽核酸(PNA);锁核酸(LNA);异鸟苷(isoG);异胞嘧啶(isoC);或它们的任意组合。
12.根据权利要求1或11所述的方法,其中所述寡核苷酸探针还包含硫代磷酸酯键。
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