[发明专利]微生物相关的重要性指数指标在审
申请号: | 201880060134.9 | 申请日: | 2018-09-14 |
公开(公告)号: | CN111164224A | 公开(公告)日: | 2020-05-15 |
发明(设计)人: | 扎迦利·阿普特;杰西卡·里奇曼;丹尼尔·阿尔莫纳西德;帕特里西奥·拉各斯;里卡多·卡斯特罗;帕兹·塔皮亚 | 申请(专利权)人: | 普梭梅根公司 |
主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/04;G16B40/00;G16H50/20 |
代理公司: | 北京中博世达专利商标代理有限公司 11274 | 代理人: | 王皓 |
地址: | 美国马*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 微生物 相关 重要性 指数 指标 | ||
1.一种表征至少一种微生物相关状况的方法,所述方法包括:
确定微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的关联集合,其中所述关联集合包含正关联、负关联和非关联中的至少一种;
确定所述微生物分类群集合的参考丰度范围集合,其中所述参考丰度范围与所述至少一种微生物相关状况相关联;和
基于所述关联集合和所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围,确定重要性指数指标,所述重要性指数指标与所述微生物分类群集合和所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的表征相关联。
2.根据权利要求1所述的方法,其中确定所述重要性指数指标包括:
基于所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围集合,确定所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的影响大小指标;和
基于所述影响大小指标,确定所述重要性指数指标。
3.根据权利要求2所述的方法,
其中确定所述影响大小指标包括基于元分析,确定所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的相关系数集合,并且
其中基于所述影响大小指标确定所述重要性指数指标包括基于所述相关系数集合确定所述重要性指数指标。
4.根据权利要求2所述的方法,
其中确定所述影响大小指标包括
确定所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的z-分值集合;和
基于所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围、以及所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述正关联和所述负关联中的至少一种,来修改所述z-分值集合;并且
其中基于所述影响大小指标确定所述重要性指数指标包括基于修改的所述z-分值集合确定所述重要性指数指标。
5.根据权利要求2所述的方法,
其中确定所述影响大小指标包括基于所述参考丰度范围以及从所述微生物分类群集合的丰度的随机集合得出的校准曲线进行内插过程,并且
其中基于所述影响大小指标确定所述重要性指数指标包括基于所述内插过程确定所述重要性指数指标。
6.根据权利要求2所述的方法,其中确定所述重要性指数指标包括基于所述影响大小指标和所述微生物分类群集合的用户丰度,确定描述用户微生物组与所述至少一种微生物相关状况之间的关联的用户的倾向性分值。
7.根据权利要求6所述的方法,其中确定所述重要性指数指标包括基于所述微生物分类群集合的经验丰度范围集合将所述倾向性分值归一化。
8.根据权利要求1所述的方法,其中确定所述重要性指数指标包括:
确定用户样品的标签集合,其中确定所述标签集合包括,基于相对于所述分类群的参考丰度范围的、所述分类群的用户丰度的丰度满足条件,以及基于所述分类群与所述至少一种微生物相关状况之间的、所述关联集合中的关联的、关联满足类型条件,来确定所述微生物分类群集合的分类群的、所述标签集合的标签,以及
基于所述标签集合来确定与所述用户样品相关联的用户的所述重要性指数指标。
9.根据权利要求1所述的方法,其中确定所述重要性指数指标包括基于用户微生物组组成特征和从所述关联集合和所述参考丰度范围集合得到的机器学习模型,针对所述至少一种微生物相关状况确定与用户的健康状态相关联的微生物相关状况分类。
10.根据权利要求1所述的方法,还包括基于所述重要性指数指标和包含与所述微生物分类群集合相关联的微生物的用户样品,针对所述至少一种微生物相关状况促成对所述用户的诊断。
11.根据权利要求1所述的方法,还包括基于所述重要性指数指标和包含与所述微生物分类群集合相关联的微生物的用户样品,针对所述至少一种微生物相关状况促成对所述用户的治疗干预。
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