[发明专利]微生物相关的重要性指数指标

说明书

例如用于表征至少一种微生物相关状况的方法和/或系统的实施方式，可以包括：确定微生物分类群集合与至少一种微生物相关状况之间的关联集合(例如，正关联如正相关性、负关联如负相关性、非关联如无相关性或最小相关性等)；确定所述微生物分类群集合的参考特征集合(例如，参考丰度范围等)；和基于所述关联集合和所述参考特征集合确定一个或更多个重要性指数指标。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年9月14日提交的美国临时申请系列号62/558,489的权益，通过引用以其整体合并在本文中。

技术领域

本公开内容一般地涉及基因组学和微生物学。

背景技术

微生物组可以包括与生物体相关联的共栖、共生和致病性微生物的生态群落。人类微生物组的表征是一种复杂的过程。人类微生物组包括超过人类细胞10倍的微生物细胞，但是例如由于样品处理技术、遗传分析技术和处理大量数据的资源中的限制，人类微生物组的表征仍然处于初期阶段。目前的知识已经清楚地确立了微生物组与多种健康状况的关联的作用，并已成为宿主遗传和环境因素对人类疾病发展的日益重视的媒介。怀疑微生物组在许多健康/疾病相关状态中起到至少部分的作用。此外，微生物组可以介导环境因素对人类、植物和/或动物健康的影响。考虑到微生物组在影响用户的健康方面深刻的牵连，应当继续进行与表征微生物组相关的工作。然而，例如用于相对于一种或更多种微生物组相关状况分析微生物组的常规方法还留有许多未解决的问题。

附图的简要说明

图1-2包括方法的实施方式的变体的流程图示；

图3包括系统的实施方式的变体；

图4包括方法的实施方式的变体的流程图示；

图5包括方法的实施方式的变体中重要性指数指标(significant index metric)频率的图示；

图6包括方法的实施方式的变体中克罗恩氏病(Crohn's disease)预测机器学习模型的指标的图示；

图7A-7E包括方法的实施方式的变体中咖啡因消耗者预测机器学习模型的指标的图示；

图8A-8D包括通知的具体实施例，所述通知包括重要性指数指标；

图9包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；

图10包括使用一种或更多种模型确定重要性指数指标的变体；

图11包括方法的实施方式的变体中的促成治疗干预；

图12包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；

图13包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；

图14包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；

图15包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；

图16包括所述方法的实施方式的变体的示意图示。

具体实施方式

以下对实施方式的说明不意图限制所述实施方式，而是使任何本领域技术人员能够制造和使用。

1.概述

如图1-2、4和9所示，方法100(例如，用于表征至少一种微生物相关状况，等)的实施方式可以包括：确定微生物分类群(microorganism taxa)集合与至少一种微生物相关状况之间的关联集合(例如，正关联如正相关性、负关联如负相关性、非关联如无相关性或最小相关性等)S110；针对所述微生物分类群集合确定参考特征(例如，参考丰度范围等)集合S120；和基于所述关联集合与所述参考特征集合确定一个或更多个重要性指数指标S130。