[发明专利]单分子测序和唯一分子标识符以表征核酸序列

权利要求书

1.一种用于改进的单分子测序的方法，所述方法包括：

制备与目标核酸序列集合相关联的基于唯一分子标识符(UMI)的分子集合；

基于所述基于UMI的分子集合和相应于所述目标核酸序列集合的核酸分子集合，促进生成标签化核酸分子集合；其中所述标签化核酸分子集合的各标签化核酸分子包括：

UMI区域，其包括随机“N”碱基集合，其中各随机“N”碱基选自“A”碱基、“G”碱基、“T”碱基和“C”碱基的任一个；以及

目标区域，其相应于所述目标核酸序列集合的目标核酸序列；和

使用所述标签化核酸分子集合促进单分子测序，其中执行所述单分子测序包括：

确定第一序列区域集合与第二序列区域集合之间的比较，其中所述第一序列区域集合包括所述标签化核酸分子集合的已测序标签化核酸分子的第一UMI区域和第一目标区域，并且其中所述第二序列区域集合包括所述标签化核酸分子集合的标签化核酸分子的第二UMI区域和第二目标区域；以及

基于所述第一序列区域集合与所述第二序列区域集合之间的所述比较，停止所述标签化核酸分子的测序。

2.根据权利要求1所述的方法，其中基于所述比较停止所述标签化核酸分子的测序包括，响应于匹配所述第二UMI区域和所述第二目标区域的所述第一UMI区域和所述第一目标区域、来停止所述标签化核酸分子的测序。

3.根据权利要求2所述的方法，其中促进所述单分子测序包括确定所述已测序标签化核酸分子的所述第一序列区域集合；以及储存所述第一序列区域集合，其中确定所述第一序列区域集合与所述第二序列区域集合之间的所述比较包括检索用于与所述第二序列区域集合比较的所述第一序列区域集合。

4.根据权利要求3所述的方法，其中确定所述第一序列区域集合、储存所述第一序列区域集合、确定所述第一序列区域集合与所述第二序列区域集合之间的比较、以及停止所述标签化核酸分子的测序在所述单分子测序的单个测序运行期间各自至少基本上实时地执行。

5.根据权利要求1所述的方法，其中停止所述标签化核酸分子的测序包括，基于所述比较和用于标签化核酸分子测序的限定界限来停止所述测序，所述标签化核酸分子与所述第一序列区域集合相关联，其中所述标签化核酸分子集合包括与所述第一序列区域集合相关联的所述标签化核酸分子。

6.根据权利要求5所述的方法，其中制备所述基于UMI的分子集合包括，基于所述目标核酸序列集合和用于所述标签化核酸分子测序的所述限定界限、来确定用于促进所述标签化核酸分子集合的生成的不同UMI区域的数量。

7.根据权利要求1所述的方法，其还包括基于所述标签化核酸分子集合的所述UMI区域的所述单分子测序、来确定与微生物相关联的绝对分子计数，所述微生物来自包括所述核酸分子集合的样品。

8.根据权利要求7所述的方法，其中使用所述标签化核酸分子集合促进所述单分子测序包括，促进所述单分子测序、以改进来自所述核酸分子集合的低度呈现的核酸分子的检测和绝对计数。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标核酸序列集合包括第一目标集合和第二目标集合的至少一个，其中所述第一目标集合包括16S rRNA目标和18S rRNA目标，并且其中所述第二目标集合包括16S rRNA目标和HPV相关联目标。

10.根据权利要求所述1的方法，其中使用所述标签化核酸分子集合促进所述单分子测序包括使用基于读取待停的技术促进所述单分子测序。