[发明专利]单分子测序和唯一分子标识符以表征核酸序列

说明书

方法和/或系统(例如，用于改进的单分子测序，等)的实施方式可以包括制备与目标核酸序列集合相关联的基于唯一分子标识符(UMI)的分子集合；基于所述基于UMI的分子集合和与所述目标核酸序列集合相应的(例如，包括，等)核酸分子集合促进标签化核酸分子集合的生成(例如，生成，等)；和/或使用所述标签化核酸分子集合促进(例如，执行，等)单分子测序。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年10月09日提交的美国临时申请系列号62/569,853的权益，其全部内容通过引用结合在本申请中。

技术领域

本公开内容通常涉及基因组学和分子生物学。

背景技术

在使用高通量测序技术来识别复杂混合物中的目标时依然待解决的一个关键挑战是，过度呈现的(overrepresented)核酸目标被数次测序，阻碍了在初始核酸库(nucleicacid pool)中低度呈现的(underrepresented)分子的检测。由于被测序数次，过度呈现的模板分子可能占据了测序运行的输出测序读取结果(reads)的大部分，这可能浪费了本可用于测序低度呈现的模板分子的循环。

单分子测序(single molecule sequencing，SMS)(例如，与合成测序(sequencing-by-synthesis)策略相比较，等)可以包括不同的优势。SMS可以容许DNA分子的直接表征。SMS当前应用的实例包括由太平洋生物科学(Pacific Biosciences)和牛津纳米孔(Oxford Nanopore)开发的技术。这些平台可以容许DNA分子的实时测序，其与适当的计算机硬件和软件相关联，可以容许测序数据的实时处理。

附图说明

图1包括方法的实施方式的变型的流程图代表；

图2包括方法的实施方式的变型的流程图代表；

图3包括方法的实施方式的变型的流程图代表。

具体实施方式

以下的实施方式的说明并不旨在限制实施方式，而是在于使任何本领域的技术人员能够制造和使用。

1.概述

如图1-3所示，(例如，用于改进的单分子测序，等)方法100的实施方式可以包括制备与目标核酸序列集合相关联的基于唯一分子标识符(unique molecular identifier，UMI)的分子集合S110；基于所述基于UMI的分子集合和相应于(例如，包括，等)所述目标核酸序列集合的核酸分子集合，促进标签化核酸分子集合的生成(generation)(例如，产生(generating)，等)S120；和/或使用所述标签化核酸分子集合促进(例如，执行，等)单分子测序S130。额外地或替代地，方法100的实施方式可以包括基于所述单分子测序确定分子计数S140；和/或任何其他适合的过程。