[发明专利]用于鉴定免疫细胞特别是PD1+细胞的作为表观遗传标志物的PDCD1

权利要求书

1.鉴定样品中的PD1+细胞的方法，包括分析哺乳动物的程序性细胞死亡1(PDCD1)基因区中至少一个CpG位置的甲基化状态，其中优选地，所分析的所述基因区根据SEQ ID No.1定位，其中与非PD1+细胞相比，所述基因区的去甲基化或缺乏甲基化指示PD1+细胞。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一个CpG位置存在于所分析的所述基因区的转录起始上游的5’区、启动子区、5’或3’非翻译区、外显子、内含子、外显子/内含子边界和/或转录终止下游的3’区。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一个CpG位置选自根据SEQ ID No.2的扩增子1876中的CpG位置27、47、82、136、194、197、249、285、290、303、336、354和369，根据SEQ ID No.3的扩增子1877中的CpG位置31、60、75、86、114、138、142、171、184、210、217和241，根据SEQ ID No.4的扩增子1878中的CpG位置35、56、74、104、118、130、150、182、196和212，并且优选选自根据SEQ ID No.3的扩增子1877的片段中的CpG位置60、75、86、114、138、142、171、184、210、217和241。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中亚硫酸氢盐可转化性分析包括选自甲基化特异性酶消化、亚硫酸氢盐测序的方法，选自启动子甲基化、CpG岛甲基化、MSP、重甲基、荧光定量法、Ms-SNuPE以及其他依赖扩增DNA检测的方法的分析。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，还包括基于将所分析的所述区域中的甲基化频率的相对量与对照基因(例如GAPDH)中的甲基化频率的相对量进行比较来定量PD1+细胞的相对量。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述样品选自哺乳动物体液，包括人血液样品或组织、器官或细胞类型血液样品、血液淋巴细胞样品或其一部分。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，还包括将所述PD1+细胞与选自PD1-滤泡细胞、细胞毒性T细胞、粒细胞、单核细胞、B细胞、CD56++NK细胞、T辅助细胞和NKT细胞的全部或至少一种细胞类型以及来自血液以外的器官的其他细胞类型区分开来。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述方法在没有纯化和/或富集待鉴定的所述细胞的步骤的情况下进行，优选使用全血和/或非胰蛋白酶化组织进行。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，还包括基于所鉴定的所述PD1+细胞对所述哺乳动物的免疫状态进行推断的步骤。

10.用于监测哺乳动物中PD1+细胞水平的方法，包括进行权利要求5至9中任一项所述的方法，并进一步将所鉴定的所述细胞的相对量与先前采集的样品或从同一哺乳动物平行采集的样品和/或对照样品进行比较。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，还包括测量和/或监测响应于向所述哺乳动物提供的化学和/或生物物质的所述PD1+细胞的量。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述哺乳动物患有或可能患有自身免疫性疾病、移植排斥、感染性疾病、癌症和/或过敏。

13.基于对PDCD1基因区中CpG位置的亚硫酸氢盐可及性的分析而鉴定、定量和/或监测哺乳动物中的PD1+细胞的试剂盒，其包含用于进行根据权利要求1至12中任一项所述的方法的组分，特别是所述试剂盒包含a)亚硫酸氢盐试剂和b)用于分析CpG位置的甲基化状态的材料，诸如选自根据SEQ ID NO：6至11的序列的寡聚物，所述CpG位置选自根据SEQ IDNO：1的区域中的CpG位置。