[发明专利]用于区分体细胞变异和种系变异的方法和系统

权利要求书

1.一种鉴定来自无细胞脱氧核糖核酸(cfDNA)分子样品的核酸变异的体细胞来源或种系来源的方法，所述方法包括：

(a)确定针对来自所述cfDNA样品的所述核酸变异的多于一个定量测量，其中所述多于一个定量测量包括所述核酸变异的总等位基因计数和次要等位基因计数；

(b)鉴定来自所述cfDNA分子样品的所述核酸变异的相关变量；

(c)确定所述核酸变异的相关变量的定量值；

(d)产生针对所述核酸变异的基因组基因座处的预期种系突变等位基因计数的统计模型；

(e)至少部分地基于针对所述核酸变异的多于一个定量测量中的至少一个、针对预期种系突变等位基因计数的所述统计模型以及所述核酸变异的相关变量的定量值，产生所述核酸变异的概率值(p值)；以及

(f)将所述核酸变异(i)当所述核酸变异的p值低于预定阈值时分类为体细胞来源的，或(ii)当所述核酸变异的p值处于所述预定阈值或高于所述预定阈值时分类为种系来源的。

2.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括从受试者获得所述cfDNA分子样品。

3.如权利要求1或2所述的方法，所述方法还包括接收从所述cfDNA样品产生的测序信息，其中所述测序信息包括包含所述核酸变异的cfDNA测序读段和所述核酸变异的相关变量，所述相关变量包括在涉及所述核酸变异的指定基因组区域内的至少一种杂合单核苷酸多态性(het SNP)。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括对来自所述cfDNA样品的核酸进行测序以产生测序信息，其中针对所述核酸变异的多于一个定量测量和相关变量的定量值从所述测序信息来确定。

5.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括确定针对所述核酸变异的多于一个定量测量，鉴定所述核酸变异的相关变量，以及根据从所述cfDNA分子样品产生的测序信息确定所述相关变量的定量值。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括使用所述cfDNA分子样品的核酸的预期种系突变等位基因计数的β-二项式模型来产生所述预定阈值。

7.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括对来自所述cfDNA分子样品的多于一个基因组基因座的多于一个核酸变异的体细胞来源或种系来源进行分类。

8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸变异的相关变量包括至少一种杂合单核苷酸多态性(het SNP)。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述核酸变异的相关变量包括至少两种het SNP。

10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸变异的相关变量包括与包含所述核酸变异的基因组基因座相连的基因组基因座。

11.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所述核酸变异的相关变量的一个或更多个突变等位基因计数的平均值和/或方差值。

12.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所述核酸变异的相关变量的平均定量值。

13.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述核酸变异的相关变量包括以下中的一项或更多项：杂合单核苷酸多态性(het SNP)、GC含量测量、探针特异性偏倚测量、片段长度值、测序统计测量、拷贝数断点以及受试者的临床数据。

14.如前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所述核酸变异的相关变量的平均值和/或方差值。