[发明专利]改良的酵母多表位疫苗组合物和方法

说明书

提供了用于酵母疫苗的系统和方法，所述系统和方法允许选择肿瘤新表位，然后将其用于产生具有增强的免疫原性的酵母表达的重组多表位。

本申请要求我们于2017年11月27日提交的序列号为62/590,661的共同待决的美国临时专利申请的优先权，其全部内容通过引用合并于此。

技术领域

本发明的领域是改进的、基于新表位的免疫治疗剂的组合物和方法，特别是涉及基于酵母的癌症疫苗的制备。

背景技术

背景描述包括可用于理解本发明的信息。并不承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的发明相关，也不承认具体地或隐含地提到的任何出版物是现有技术。

本文中的所有出版物和专利申请都通过引用并入，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体地且单独地指明通过引用并入一样。在并入的参考文献中的术语的定义或用法与本文提供的该术语的定义不一致或相反时，适用本文提供的该术语的定义，而不适用该术语在该参考文献中的定义。

靶向特定癌症所共用的某些抗原的癌症免疫疗法已经在一些患者中引起了明显的应答。令人遗憾的是，尽管相同抗原有显性表达，但许多患者未能对这种免疫疗法产生应答。这种应答失败的一个可能的原因是免疫系统的多种效应细胞可能没有以足够的数量存在，或可能已经耗尽。而且，患者中细胞内抗原加工和HLA变异性可能已经导致抗原和/或抗原展示的加工不足，从而导致治疗无效或缺乏应答。

为了增加对用于免疫疗法的靶标的选择，最近已经考虑了随机突变，因为肿瘤细胞中的一些随机突变可能产生独特的肿瘤特异性抗原(新表位)。这样，并且至少在概念上，新表位可提供用于免疫疗法的独特的精确靶标。另外，已经表明，可以通过非常少量的肽来触发细胞溶解性T细胞应答(例如，Sykulev等人，Immunity[免疫力]，第4卷，第6期，第565-571页，1996年6月1日)。而且，由于在许多癌症中突变的数量相对较多，可能的靶标数量相对较高。鉴于这些发现，将癌症新表位鉴定为治疗靶标已经引起了广泛关注。令人遗憾的是，目前的数据似乎表明所有或几乎所有的癌症新表位对于患者和特定的肿瘤均是独特的，并且未能提供关于哪种新表位可用于治疗有效的免疫治疗剂的任何具体指示。

为了克服与针对免疫疗法的大量可能的靶标相关联的至少一些问题，可以过滤新表位的突变类型(例如，以确定错义或无义突变)、转录水平(以确认突变基因的转录，并确认蛋白质表达)。而且，如WO 2016/172722中所述，可以进一步分析经如此过滤的新表位与患者HLA系统的特异性结合。一旦鉴定出经过滤的新表位，就可以制备相应的重组核酸，可以将其亚克隆以进行病毒基因的递送和在感染的(例如树突状)细胞中表达该新表位，例如，在共同拥有的PCT/US 17/23894中所教导的。尽管从概念上讲很有吸引力，但生成足够数量的病毒通常需要至少几周，甚至几个月。这样，治疗干预将被延迟。

因此，即使本领域已知多种新表位鉴定和将新表位递送至多种细胞的方法，但这些方法中的全部或几乎全部都具有多种缺点。因此，需要具有改进的系统和方法用于选择新表位和快速生产新表位疫苗，从而增加免疫疗法中治疗反应的可能性。

发明内容

本发明的主题涉及多种免疫治疗组合物和方法，特别是重组酵母疫苗系统，其中多个选择的新表位结合形成具有前导肽(以及尤其是α因子前导序列)的合理设计的多肽以分泌或运送该多肽到壁膜间隙。重组多肽的表达和运送至这样的位置将有利地增加多肽的免疫原性，这可能是由于对巨噬细胞和树突细胞的暴露增加和/或佐剂作用所致。

在本发明主题的一方面，诸位发明人设想了产生酵母疫苗和/或酵母表达载体的方法，以及用重组酵母疫苗治疗患者以治疗癌症的方法。在这些方法中，构建具有编码多表位的序列的重组核酸，所述序列可操作地连接至启动子以驱动所述多表位的表达。最优选地，所述多表位包含前导元件，所述前导元件将所述多表位引导至选自由壁膜间隙、细胞壁和细胞外隙组成的组的位置，并且还包含多个经过滤的新表位序列。