[发明专利]一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法

说明书

本发明提供了一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法，包括：A、获取肿瘤组织细胞的突变基因所对应编码的多肽序列，并将其作为潜在抗原的多肽集合；B、获取HLA分型在黄种人群中的频率超过指定阈值的HLA分型集合；并将多肽集合与所述HLA分型集合进行亲和力预测，选出亲和力超过指定阈值的多肽序列；C、将HLA分型集合中的HLA进行三维结构建模；以及将多肽序列进行三维结构建模；D、将HLA作为受体，将多肽序列作为配体进行分子对接；E、将打分超过指定阈值时对应的多肽序列作为肿瘤新抗原的候选多肽序列。由上，通过本申请的筛选方法，方便后续进一步的据此进行针对性的实验，可以大大的减少实验的次数，实现省时、省力且节约经费。

技术领域

本发明涉及抗原筛选领域，尤其涉及一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法。

背景技术

肿瘤疫苗(tumor vaccine)是近年研究的热点之一，其原理将肿瘤抗原以多种形式如：肿瘤细胞、肿瘤相关蛋白或多肽、表达肿瘤抗原的基因等，导入患者体内，克服肿瘤引起的免疫抑制状态，增强免疫原性，激活患者自身的免疫系统，诱导机体细胞免疫和体液免疫应答，从而达到控制或清除肿瘤的目的。2010年4月，美国食品药品监督管理局 (FDA)批准Provenge/sipuleucel-T用于治疗晚期前列腺癌，使其成为第一个自体主动免疫疗法药及第一个真正的治疗性癌症疫苗，为其他同类产品的研发铺平道路(1,2)。

2017年有2个技术团队已经在基于NGS的个性化肿瘤疫苗临床试验中取得可喜成果，美国团队的临床实验结果：接种疫苗的6名黑色素瘤患者中，4人肿瘤完全消失，且32个月内无复发，另外2人肿瘤仍然存在，在接受辅助治疗后肿瘤也完全消失；德国团队的临床试验结果：在13位接种疫苗的患者中，8人肿瘤完全消失且23月内无复发，其余 5名患者由于接种疫苗时肿瘤已经扩散，有2人出现肿瘤缩小，其中1 人接受辅助治疗后肿瘤完全消退1,2。此技术或治疗方法，利用个体化肿瘤新生抗原，调节或激活免疫系统杀伤肿瘤，从原理上结合其他肿瘤治疗方法有可能把肿瘤变成慢性病，如果大规模临床验证成功，未来市场潜力巨大(3,4)。

但是，目前对于肿瘤疫苗的研制都是通过实验的手段进行一一的筛选，该过程费时、费力、花费较大，且不易找到合适的肿瘤疫苗(肿瘤抗原)，因此，目前亟需一种对肿瘤新抗原的筛选的方法，通过对肿瘤新抗原的筛选获取合适的肿瘤疫苗，以方便后续进一步的据此进行针对性的实验，以大大的减少实验的次数，实现省时、省力且节约经费。

发明内容

有鉴于此，本发明的主要目的在于提供一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法，通过对肿瘤新抗原的筛选，以方便后续进一步的据此进行针对性的实验，可以大大的减少实验的次数，实现省时、省力且节约经费。

本申请提供的一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法，包括步骤：

A、获取肿瘤组织细胞的突变基因所对应编码的各个多肽序列，并将其作为潜在抗原的多肽集合；

D、获取各个HLA分型在黄种人群中的频率并据此获取频率超过指定阈值的HLA分型集合；并将所述多肽集合中的多肽序列与所述HLA分型集合中的HLA分型分别进行亲和力预测，并筛选出亲和力超过指定阈值的多肽序列；

E、将所述HLA分型集合中的各个HLA分型分别进行三维结构建模；以及将所述亲和力超过指定阈值的多肽序列分别进行三维结构建模；

D、将HLA分型的三维结构模型为受体，将多肽序列的三维结构模型作为配体进行分子对接；

E、将所述分子对接的打分值中超过指定阈值时对应的多肽序列作为肿瘤新抗原的候选多肽序列。