[发明专利]用于基因检测的FFPE参考品、其制备方法及应用

权利要求书

1.一种用于基因检测的FFPE参考品的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1，对肿瘤细胞系进行细胞培养，收集细胞沉淀；

S2，对所述细胞沉淀进行福尔马林固定，然后用琼脂糖凝胶包裹形成细胞团块，将所述细胞团块制作成细胞蜡块；

S3，提取所述细胞蜡块中肿瘤细胞系的基因组DNA，并对所述肿瘤细胞系的基因组DNA进行基因突变频率测定；

S4，把含有目标突变位点的所述肿瘤细胞系的基因组DNA混合成目标突变频率的DNA混合物，所述DNA混合物即为用于基因检测的FFPE参考品。

2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述S4包括：

S41，把含有目标突变位点的所述肿瘤细胞系的基因组DNA进行预混合得到DNA预混合物，测定得到所述DNA预混合物的目标突变位点基因突变频率；

S42，将所述DNA预混合物的目标突变位点基因突变频率与目标突变频率进行比较；

S43，如果所述DNA预混合物的目标突变位点基因突变频率等于所述目标突变频率，则所述DNA预混合物即为所述用于基因检测的FFPE参考品；

如果所述DNA预混合物的目标突变位点基因突变频率与所述目标突变频率不一致，则根据所述DNA预混合物的目标突变位点基因突变频率的检测结果进一步细化调整混合比例，重复所述S41和S42直到得到的DNA混合物的目标突变位点基因突变频率与所述目标突变频率一致，获得所述用于基因检测的FFPE参考品。

3.根据权利要求2所述的制备方法，其特征在于，所述S43进一步包括：采用目标突变位点基因突变频率为0的FFPE阴性细胞系DNA稀释所述用于基因检测的FFPE参考品，进一步得到更低期望目标突变位点基因突变频率的用于基因检测的FFPE参考品；

优选的，所述FFPE阴性细胞系DNA为GM12878细胞系DNA。

4.根据权利要求2所述的制备方法，其特征在于，所述S43中所述DNA预混合物的目标突变位点基因突变频率的检测结果为ddPCR和NGS的检测结果。

5.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述S1中在对肿瘤细胞系进行细胞培养之后还包括对培养的肿瘤细胞系进行计数的步骤；

优选的，当所述肿瘤细胞系的数目>2×10⁶cells/mL时，收集所述细胞沉淀。

6.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述S2中采用10％中性福尔马林对所述细胞沉淀进行固定，优选的，固定时间为2～4h；

优选的，所述琼脂糖凝胶的浓度为1～5％；

优选的，在用所述琼脂糖凝胶包裹所述细胞团块时，所述琼脂糖凝胶的温度为60℃，所述琼脂糖凝胶的体积为10～50μL；

优选地，所述细胞团块制作成所述细胞蜡块前使用10％中性福尔马林固定1～4h。

7.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述S3中采用ddPCR和高通量测序对所述肿瘤细胞系的基因组DNA进行基因突变频率测定；

优选地，所述高通量测序包括illumina测序平台和/或ion torrent测序平台的测序。