[发明专利]基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测panel、检测试剂盒及其应用。其中，该检测panel包括泛癌种分型、治疗、预后相关的基因突变，肿瘤突变负荷计算相关的外显子区域和微卫星不稳定性位点。应用本发明的技术方案，检测panel包括泛癌种分型、治疗、预后相关的基因突变、肿瘤突变负荷计算相关的外显子区域和微卫星不稳定性位点，其包括的基因信息全面，能够直接对多种肿瘤变异进行联合检测，应用于靶向药、化疗药或免疫药的伴随诊断可以得到精准的结果。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，具体而言，涉及一种基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测panel、检测试剂盒及其应用。

背景技术

目前，癌症相关的检测技术很多，例如高通量测序、目标区域捕获测序、液体活检、肿瘤突变负荷和MSI检测等。

其中，高通量测序(High-Throughput Sequencing)又名下一代测序(NextGeneration Sequencing，NGS)，是相对于传统的桑格测序(Sanger Sequencing)而言的。

在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，将片段化的基因组DNA两侧连上接头, 随后用不同的方法产生几百万个空间固定的PCR克隆阵列。每个克隆由单个文库片段的多个拷贝组成。然后进行引物杂交和酶延伸反应。由于所有的克隆都在同一平面上(flowcell)，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，DNA序列延伸和成像检测不断重复，最后经过计算机分析就可以获得完整的DNA序列信息。一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定又称深度测序(Deep sequencing)。

NGS检测方法通量高，同一样本仅需要进行一个文库构建和捕获，就可以对大量的基因进行检测，满足临床检测的需求，不需要大量的样本量即可进行多个基因的检测，既可以对已知突变位点进行检测，也能对未知突变位点进行检测，此外NGS检测方法还可以对各种突变类型进行检测，对临床上的各类样本，如全血、组织、FFPE样本、cfDNA等其他样本类型均能够进行检测。

目标区域捕获测序，第二代测序结合微阵列技术而衍生出来的应用，目标序列捕获测序技术(Targeted Resequencing)。这项技术首先利用微阵列技术合成大量寡核苷酸探针，这些寡核苷酸探针能够与基因组上的特定区域互补结合，从而富集到特定区段，然后用第二代测序技术对这些区段进行测序。其测序原理是基于DNA杂交原理，利用目标基因组区域定制的探针与基因组DNA进行芯片杂交或溶液杂交，将目标基因区域DNA富集，再通过NGS技术进行测序。测序所选定的目标区域可以是连续的DNA序列，也可以是分布在同一个染色体不同区域或不同染色体上的片段。

液体活检就是通过采集血液或者尿液等对癌症等疾病做出诊断。与传统的手术活检和穿刺活检相比，液体活检的优势在于：1)操作简便，传统活检依赖于影像学的发现，定位肿瘤的准确位置和大小后进行手术或者穿刺操作，操作性难，而液体活检则不需要影像学支持；2) 非侵入式，传统的方式由于其侵入式操作，往往带有并发症，肿瘤复发风险，液体活检则仅仅是抽取一定量的血液，风险小；3)取样方便。传统穿刺和手术取样本对患者伤害较大，而液体活检一般只需要5～10ml血液，支持重复多次取样；4)有效应对肿瘤异质性。传统取样受取样部位的原因可能出现取不到肿瘤组织的问题，而血液中可能包含不同突变肿瘤细胞的信息。5)成本低。较传统检测方法价格便宜。