[发明专利]西瓜种脐斑性状主效基因及检测该主效基因的分子标记和应用

权利要求书

1.用于检测西瓜种脐斑性状主效基因Cla019481基因的dCAPS分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在该核苷酸序列第21位处碱基由G突变为A。

2.权利要求1所述的dCAPS分子标记在西瓜种质资源种脐斑性状的鉴定和/或分子标记辅助育种中的应用。

3.权利要求1所述的dCAPS分子标记在西瓜种质资源种脐斑性状基因型纯度鉴定中的应用。

4.用于鉴定西瓜种脐斑性状的试剂盒，其特征在于，包括引物对和限制性内切酶TaqI；所述引物对为Zshpr101-F：5’-CCGTCACGAAATGCATCATC-3’；

Zshpr101-R：5’-ATTTCTCGTGGCTGTTCTTCCC-3’。

5.一种西瓜种脐斑性状基因型的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤1：西瓜DNA提取：采用CTAB法提取西瓜基因组DNA；

步骤2：PCR扩增和酶切：

首先利用引物对Zshpr101对西瓜基因组DNA进行扩增，得PCR扩增产物，然后利用限制性内切酶Taq I对PCR扩增产物进行酶切，得酶切产物；引物对Zshpr101用于扩增权利要求1所述的dCAPS分子标记，引物对Zshpr101的核苷酸序列为：

Zshpr101-F：5’-CCGTCACGAAATGCATCATC-3’；

Zshpr101-R：5’-ATTTCTCGTGGCTGTTCTTCCC-3’；

步骤3：电泳图谱分析：对酶切产物进行8%聚丙烯酰胺凝胶电泳、显影、染色和带型判读，确定所属基因型；在具有种脐斑性状的西瓜中dCAPS分子标记的第21位处碱基为G，其傍邻的序列具有限制性内切酶Taq I的酶切识别位点，在无西瓜种脐斑性状的西瓜样品中dCAPS分子标记的第21位处碱基为A，无法被限制性内切酶Taq I识别；当Taq I可识别酶切位点时，具有种脐斑性状的西瓜的目标DNA条带会被切成168bp和19bp大小的两个DNA片段，而无种脐斑性状的西瓜不会被限制性内切酶识别，而保持187bp大小的DNA片段；当鉴定的育种材料的种脐斑性状不是纯合的时候，凝胶上会出现两条DNA条带187bp、168bp。

6.根据权利要求5所述的一种西瓜种脐斑性状基因型的鉴定方法，其特征在于，步骤2中PCR反应体系为：100ng/μL西瓜基因组DNA 1μL、10μmol/L Zshpr101-F 1μL、10μmol/LZshpr101-R 1μL、2×Power Taq PCR MasterMix 12.5μL、ddH₂O 9.5μL；PCR反应程序：94℃5min；94℃ 20s、55℃ 1min、72℃ 30s，35个循环；72℃ 5min；酶切反应体系：PCR产物5μL，Taq I限制性内切酶0.5μL，10×buffer 1.5μL，ddH₂O 8μL；酶切反应程序：65℃恒温处理12小时。