[发明专利]西瓜种脐斑性状主效基因及检测该主效基因的分子标记和应用

说明书

本发明公开了西瓜种脐斑性状主效基因Cla019481基因以及该主效基因的dCAPS分子标记，该分子标记的核苷酸序列第21位处碱基由G突变为A，该突变位点位于西瓜基因组3号染色体5706652bp处。本发明还公开了该dCAPS分子标记在西瓜种质资源种脐斑性状的鉴定和/或分子标记辅助育种以及种脐斑性状基因型纯度鉴定中的应用。通过在BC₁群体和自然群体中的验证，表明dCAPS分子标记可有效鉴定西瓜种脐斑这一性状，可确定3号染色体上Cla019481基因为控制西瓜种脐斑性状的主效基因。本发明方法可快速、精准定位西瓜种脐斑性状基因。本发明为西瓜种质资源种脐斑性状鉴定和分子标记辅助育种研究提供新手段。

技术领域

本发明涉及生物基因技术领域，具体涉及西瓜种脐斑性状主效基因及检测该主效基因的分子标记和应用。

背景技术

西瓜(Citrullus lanatus)是葫芦科葫芦属一年生植物，果肉鲜美、多汁，营养价值丰富，深受消费者喜爱，被誉为“瓜果之王”。在其栽培过程中，西瓜经过长期的自然选择和人工选择，形成诸多性状与品种。种脐斑是指西瓜种脐部位存在和种子表面不一致的颜色，这一性状可稳定遗传，品种之间差异明显，并且该性状在野生西瓜中不存在，因此种脐斑可成为西瓜种质资源、品种鉴定和遗传分类的主要依据。根据国内外文献查阅结果，未发现对种脐斑主效基因进行精细定位的相关研究。

常规的遗传学研究效率不高，分子标记如Indel、SNP在高通量测序技术迅速发展的今天备受关注，其可广泛应用于园艺作物遗传图谱的构建、QTL分析、分子标记辅助选择育种等。DNA分子标记和荧光定量PCR辅助验证，可为西瓜种脐斑基因精细定位和分子鉴定研究提供高效的技术手段。

发明内容

本发明的目的在于开发与西瓜种脐斑性状相关的分子标记，以期快速、准确定位西瓜种脐斑性状相关基因，为西瓜种质资源鉴定和分子标记辅助育种提供新的技术方法。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

本发明提供Cla019481基因在鉴定西瓜种脐斑性状中的应用，所述Cla019481基因为西瓜种脐斑性状主效基因，该主效基因位于西瓜基因组3号染色体上5704673～5707416bp处。

本发明还提供了用于检测上述西瓜种脐斑性状主效基因的dCAPS分子标记，所述分子标记的核苷酸序列为：CCGTCACGAAATGCATCATCG/AAGTGACGAACTTTTATCCGTGTAGATTTTTGGTATTTCCATCCCTTGCGGAGCGTCATAATTCCAAAACGGCAATGCAAAATCAGGATCCTTAATCAAAGACCCCAATATTCTCTCATGAAAGTAAAGATAAAAACGATGGAATGGGAAGAACAGCCACGAGAAAT，如SEQ ID NO:1所示，在核苷酸序列第21位处碱基由G突变为A，该突变位点位于西瓜基因组3号染色体5706652bp处。

本发明还提供了上述的dCAPS分子标记在西瓜种质资源种脐斑性状的鉴定和/或分子标记辅助育种中的应用。

本发明还提供了上述的dCAPS分子标记在西瓜种质资源种脐斑性状基因型纯度鉴定中的应用。

本发明又提供了用于扩增上述的dCAPS分子标记的引物对Zshpr101，该引物对的核苷酸序列为：

Zshpr101-F：5’-CCGTCACGAAATGCATCATC-3’；

Zshpr101-R：5’-ATTTCTCGTGGCTGTTCTTCCC-3’。

本发明又提供了用于鉴定西瓜种脐斑性状的试剂盒，该试剂盒包括上述的引物对和限制性内切酶Taq I。

本发明还提供了一种西瓜种脐斑性状基因型的鉴定方法，包括如下步骤：