[发明专利]检测单基因遗传性高血压的基因panel及其应用

权利要求书

1.一种检测单基因遗传性高血压的基因panel，其特征在于，由37个单基因遗传性高血压的相关基因组成，所述基因的名称列举如下：

AIP；ARMC5；CACNA1D；CACNA1H；CUL3；CYP11B1；CYP17A1；CYP21A2；EGLN1；EGLN2；EPAS1；FH；HSD11B2；KCNJ5；KLHL3；MAX；MEN1；NF1；NOS3；NR3C1；NR3C2；PDE11A；PDE3A；PDE8B；PRKAR1A；RET；SCNN1B；SCNN1G；SDHA；SDHAF2；SDHB；SDHC；SDHD；TMEM127；VHL；WNK1；和WNK4。

2.权利要求1所述的基因panel在制备检测单基因遗传性高血压的产品中的应用。

3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述产品为检测装置或检测试剂盒。

4.一种基因突变的筛选方法，其特征在于，针对测试对象利用权利要求1所述的基因panel通过高通量测序并结合生物信息学分析进行数据处理和基因突变筛选。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述生物信息学分析的数据处理和基因突变筛选的步骤如下：

a)使用C语言编程软件对测试对象的高通量测序原始下机数据进行过滤以获得干净读取，其中所述干净读取为过滤后Q20大于95％，Q30大于85％，且GC含量在40％-60％之间的高质量数据；

b)将上述干净读取与人类基因组参考序列进行序列比对以获得序列比对的格式文件，其中所述序列比对的目标比对率在95％以上，平均测序深度>100×，平均覆盖度>98.9％；

c)通过功能注释软件进行位点注释并筛选潜在的致病性突变位点。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤a)中对原始下机数据进行过滤的原则为：(1)过滤含有接头的成对读取；(2)过滤N含量超过读取10％的成对读取；(3)过滤单条读取中Qphred<＝5的低质量碱基含量超过50％的序列。

7.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤b)中所述序列比对的目标比对率在95％以上，平均测序深度>100×，平均覆盖度>98.9％，且所述序列比对结果的格式文件为bam文件。

8.如权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤c)中通过功能注释软件ANNOVAR进行位点注释和筛选，其具体过程为：

(1)滤除在健康对照人群样本的全外显子测序数据库中出现次数≥1次的突变；

(2)滤除在病例人群样本的靶向捕获测序数据库中出现次数≥100次的突变；

(3)滤除突变检出率在健康对照人群样本数据库中高于在病例人群样本数据库中的突变位点；

(4)滤除测序覆盖度DP4<4，且DP4/DP<0.1的突变位点；

(5)滤除在单基因遗传性高血压37个基因的panel之外的位点以及非外显子区域的位点；

(6)滤除在国际千人基因组计划数据库、ExAC数据库、健康对照人群样本数据库中最小等位基因频率MAF>0.01的位点；

(7)保留被收录在HGMD数据库中的位点；

(8)保留多种生物信息学软件预测为致病、可能致病、临床意义未明的位点；

(9)保留CADD评分>10分的位点。

9.权利要求4所述的基因突变筛选方法在辅助诊断单基因遗传性高血压患者病因的装置中的应用。

10.辅助诊断单基因遗传性高血压患者病因的装置，其特征在于，包括权利要求1所述基因panel中37个基因的靶向捕获探针，扩增所述37个基因的引物对，对靶向高通量测序的原始下机数据进行过滤的过滤模块，将待测对象的目标序列与参考序列进行比对的序列比对模块，以及将所述序列比对结果进行注释并筛选潜在致病突变基因的基因筛选模块。