[发明专利]与小麦抗条锈病基因QYr.sicau-1B-1连锁的SNP分子标记与应用

说明书

本发明属于分子育种技术领域，提供了与小麦抗条锈病基因QYr.sicau‑1B.1连锁的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记为KASP‑Yr，其可通过核苷酸序列如SEQ ID NO.1～3所示的引物扩增得到。检测分析表明，该分子标记能准确跟踪所述小麦抗条锈病QTL QYr.sicau‑1B.1，预测小麦的抗条锈病特性，进而方便进行分子设计育种。本发明还公开了一种鉴定小麦抗条锈病QTL QYr.sicau‑1B.1的分子标记的方法，利用本发明所提供的方法能够加强抗条锈病预测的准确性，以便快速筛选出具有增加抗条锈病的小麦品种或品系用于育种，可大大加快小麦高产量品种的选育进程。

技术领域

本发明分子生物学及作物遗传育种领域，特别是涉及与小麦抗条锈病性状相关的分子标记，具体地，涉及小麦抗条锈病基因 QYr.sicau-1B-1连锁的SNP分子标记、扩增其的引物对以及该分子标记的应用。

背景技术

小麦是我国重要的粮食作物，常年种植面积在2000万公顷以上，约占粮食作物面积的27％；总产量为1亿吨以上，约占粮食作物产量的22％。小麦条锈病是我国小麦生产中一种重要的病害，当受到条锈菌的侵害时，小麦叶片会出现黄色的坏死斑，并且会产生黄色的夏孢子，这些孢子到后期就会变为黑色；条锈菌会造成叶片褪绿，无法进行光合作用，从而减产，严重时甚至会造成颗粒无收。一直以来国内外许多研究都在致力于新的抗性小麦品种的研究，其抗性基因的挖掘对选育和推广抗病品种具有重要的作用。

小麦品系‘20828’在西南生态区近10余年一直对国内条锈病流行生理小种表现为近免疫抗性，其还具有小穗数多、株高适中和株型紧凑等特点，是育种首选亲本。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)指的是基因组内DNA某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化而引起的DNA序列多态性。其技术是利用己知序列信息来比对寻找SNP位点，再利用发掘的变异位点设计特异性的引物来对基因组DNA或cDNA进行PCR扩增，得到基于SNP位点的特定的多态性产物，最后利用电泳技术分析产物的多态性。SNP标记的优点是数量多，分布广泛；在单个基因和整个基因组中分布不均匀；SNP 等位基因频率容易估计。

KASP是由LGC公司(Laboratory of the Government Chemist) (http://www.lgcgenomics.com)研发的竞争性等位基因特异性PCR技术(Kompetitive AlleleSpecific PCR,KASP)具有低成本、高通量特点的新型基因分型技术，通过引物末端碱基的特异匹配来对SNP 以及In Del位点进行精准的双等位基因分型，在水稻、小麦、大豆等作物的分子标记辅助选择中得到广泛应用。

此前有学者对抗条锈病性状进行了QTL定位，发现与之相关的 QTL在小麦中广泛存在，且分布在每一条染色体中，其中1B染色体上定位到的抗条锈病QTL最多。但是由于病原菌小种的高度变异，大量的抗条锈病基因已经或者正在丧失抗性，因此一直以来国内外许多研究都在致力于新的抗性小麦品种的研究，这就需要了解小麦抗源的抗病基因及其遗传特点，从而对小麦抗源进行更加合理有效的应用，培育出更高效的抗性品种。

发明内容

本发明的目的在于提供与小麦抗条锈病QTL QYr.sicau-1B.1紧密连锁的分子标记。

本发明的另一目的在于提供所述分子标记的荧光定量PCR引物。

本发明的第三个目的在于提供上述小麦抗条锈病QTL QYr.sicau-1B.1紧密连锁的分子标记的应用。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：