[发明专利]鉴定冬瓜杂种种子纯度的SSR分子标记引物及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定冬瓜杂种种子纯度的SSR分子标记引物及其应用，该引物上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，本发明通过对冬瓜杂交种子及其亲本基因组DNA特性SSR引物进行筛选研究，鉴定得到能够同时具有父、母本特异性标记条带的杂种一代，可用于快速准确检测部分冬瓜品种杂交种子的杂种纯度。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种鉴定冬瓜杂种种子纯度的SSR分子标记引物及其应用。

背景技术

冬瓜属于葫芦科冬瓜属，含有一个变种节瓜。冬瓜起源于中国南部和东印度，广泛分布于亚洲的热带、亚热带及温带地区，在中国已有2000多年的栽培历史。冬瓜营养丰富，富含多种维生素及膳食纤维，兼具药用和保健功能，是健康的高钾低钠食品。冬瓜以果皮颜色可分为粉皮冬瓜、黑皮冬瓜、黄皮冬瓜三类，以果实大小可分为小果型(2kg以下)、中果型(2～10kg)和大果型(10kg以上)，按种子类型可分为有棱扁籽和无棱光籽。杂交冬瓜品种纯度是保证杂种优势得以发挥的基础，也是衡量杂交冬瓜种子质量的主要指标。由于在冬瓜杂交制种过程中，人工去雄不彻底或漏去雄，常会出现假杂交种，导致杂交品种优势下降，给生产造成巨大经济损失。因此，为了有效提高优良品种的生产质量，建立一套快速、准确的冬瓜杂种种子纯度鉴定方法是冬瓜生产经营过程中需要迫切解决的问题之一。

传统的冬瓜杂种种子纯度鉴定主要是通过将杂交种种植后对其进行形态学鉴定，冬瓜生育期漫长，在此过程中某些易受环境影响的形状会难以判定，所以需要对冬瓜品种特性及其了解的专业育种者，这使鉴定过程受到了极大的限定。随着分子标记的快速发展，以DNA为基础的分子标记技术可有效鉴定品种在分子水平上的遗传差异，与其他分子标记相比，SSR(Simple Sequence Repeat，简单重复序列)分子标记技术在鉴定杂合位点方面具有独特的优越性：SSR分子标记呈共显性，标记数量丰富，多态性高，遗传稳定，不受环境条件影响。目前SSR分子标记已经广泛应用于遗传图谱的构建、遗传多样性研究和品种资源鉴定等方面，而利用分子标记进行冬瓜杂种种子纯度鉴定也是可行的。目前普通的分子标记纯度鉴定仅仅使用双亲的共显性标记，如果共显性标记分子量差异过小，电泳常常分离不清晰而造成杂种和父母本带型不容易分辨。

发明内容

本发明针对现有技术的不足，提供一种鉴定冬瓜杂种种子纯度的SSR分子标记引物及其应用。利用该引物可以快速准确鉴定冬瓜杂种种子纯度。

本发明所采用的技术方案是：

一种鉴定冬瓜杂种种子纯度的SSR分子标记引物，所述引物序列为：上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

上述SSR分子标记引物在鉴定冬瓜杂种种子纯度中的应用。

优选地，上述SSR分子标记引物鉴定的冬瓜杂种种子母本为黑皮冬瓜类，父本为绿皮节瓜类或黑皮节瓜类。

使用上述SSR分子标记引物鉴定冬瓜杂种种子纯度的方法，步骤如下：

(1)提取冬瓜父母本和杂种种子的DNA；

(2)以步骤(1)提取的DNA为模板，以SSR分子标记引物进行PCR扩增，得到PCR产物；

(3)将电泳产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测；

(4)观察电泳检测结果。将父母本与杂交种子的带型进行对比，父本具有1条共显性特征带和1条显性特征带，母本具有1条共显性特征带，同时具有父母双亲本的3条特征带的种子鉴定为真正的杂交种，缺少父本或母本特征带的均视为假杂种，种子的纯度按如下方法计算：

杂种纯度＝检测到的真杂交种个数/种子检测总数×100％。

其中，步骤(1)中以CTAB法提取冬瓜父母本和杂交种子的DNA；