[发明专利]一种SNP组合及其在桉树无性系鉴定中的应用

说明书

本发明提供了一种SNP组合及其在桉树无性系鉴定中的应用，属于SNP标记技术领域。采用本发明提供的70个SNP标记组合极大提高对无性系检测准确度、缩短检测时间、提高检测水平，可有效应用于桉树无性系鉴定，快速甄别假冒和错乱的无性系，有效减少对桉树无性系鉴定的工作量，为桉树无性系推广、良种市场规范化提供强有力的技术检测，切实保障良种培育人和营林种植者的权益。

技术领域

本发明涉及SNP标记技术领域，具体涉及一种SNP组合及其在桉树无性系鉴定中的应用。

背景技术

桉树作为南方重要的人工林树种，种质资源丰富，种源复杂，其种间杂交容易培育优良的杂交种，子代进行无性繁殖后可以培育大量无性系。目前我国桉树在历经多年的栽培和推广后，无性系关系混乱、良莠不齐等的问题日益严峻，不利于桉树的健康快速和有序发展。如何通过发展快速、高效的无性系鉴定方法来准确鉴定桉树无性系，达到桉树商品林良种市场规范化，切实维护育种者的权益显得极为重要。随着分子生物学的发展，应用分子标记技术对桉树进行分子水平上的鉴定，为桉树无性系的鉴定提供了新的手段。

目前无性系鉴定中常用的指纹图谱构建多数是基于微卫星(Simple SequenceRepeats,SSR)分子标记，但是，传统SSR在大规模基因分型时成本较高，人工耗时长，难以实现自动化、规模化自动检测，限制了其在林木分子育种中的大规模应用。作为第三代分子标记，SNP标记为克服这些障碍提供了一个很好的选择。相比于传统的SSR标记，SNP标记在基因组中更为丰富，为基因型筛选提供了大量的位点，具有许多优点，包括分布密度高、标记丰富、遗传性稳定性好等特点，更容易实现高通量和自动化检测，可以满足不同需求的各种基因分型系统。

随着高通量测序技术的发展，高通量的SNP检测技术在无性系鉴定方面具有广泛的应用前景，目前市面上已有较多的SNP基因分型高通量检测平台。巨桉的基因组测序已经完成，为了更好的促进桉树无性系的鉴定和育种应用，亟需一种通量高、重复性好的SNP应用于桉树无性系的快速、高效鉴定。

发明内容

本发明的目的在于提供了一种SNP组合及其在桉树无性系鉴定中的应用，本发明基于NCBI上的桉树测序数据开发SNP标记，利用Fluidigm的EP1高通量基因分析系统平台对主要桉树无性系品种进行基因分型，根据分型结果筛选出成功分型的SNP位点作为核心标记，并利用核心标记来构建无性系间的聚类图，可以更准确、更高效、高通量的鉴定桉树无性系并构建桉树无性系指纹图谱，从而达到快速甄别假冒和错乱的无性系、切实保障良种培育人和营林种植者的权益及提高桉树商品林发展良种化程度的目的。