[发明专利]针对目标核酸靶标的探针的制备方法

说明书

本发明涉及针对目标核酸靶标的探针的制备方法。该方法包括：a)获取感兴趣的靶DNA序列；b)使用转座酶，将所述靶DNA序列进行片段化的同时，在片段化的DNA序列两端加上接头序列；和c)利用所述接头序列，获取所述片段化的DNA序列，以产生探针。采用本发明提供的方法能够以kb级的分辨率，高效、简便、准确的标记基因组位置。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体而言，涉及一种针对目标核酸靶标的探针的制备方法。

背景技术

荧光原位杂交(Fluorescent in situ Hybridization，FISH)籍由杂交探针的本身的序列和荧光，能提供标记位点的在细胞核内的空间位置信息，一直以来与基于3C(ChromatinConformationCapture，染色质构象捕获)的各种生物技术(如4C，5C，HiC，ChIA-PET等)互补，成为研究染色质结构不可或缺的重要技术之一。传统的FISH技术一般以含有目标物种来源的一段完整基因组片段(一般是BAC，PAC，YAC等)作为模板，通过生物酶的作用进行片段化，之后进行荧光标记做出杂交探针，在固定细胞中，对特定的基因组片段，通过碱基互补配对原理，进行荧光标记并成像、获得具体的核内空间信息。但是传统的原位杂交技术受限于BAC等模板本身的特性，具有准备时间长，所需模板量大，基因分辨率低(100-200Kb)，克隆中含有重复片段、需要加入物种特异的Cot-1DNA等缺点，在进行染色质结构研究中，对于大量存在的小于200Kb的相互作用的标记适用性差，对于没有商业化Cot-1DNA的物种的研究更是捉襟见肘。因此，迫切需要开发具有快速高效、模板需求量低、基因组分辨率高、且不需要Cot-1DNA的荧光原位杂交方法，替代现有的传统FISH技术方案。

目前来看，在已经报道的新型FISH技术中，Oligopaint技术，HD-FISH技术，CasFISH技术和MD-FISH技术都针对上述4点进行了不同程度的优化，主要的进步在于提高的基因组分辨率(2.5Kb-10Kb)和无需加入Cot-1DNA来抑制重复序列。但是，这四种技术有些技术成本高昂，制备复杂，性价比低，有些技术需要生物信息学工具挖掘出合适的探针序列，对于一般的实验室而言很难直接运用。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供一种针对目标核酸靶标的探针的制备方法，该方法包括：

a)获取感兴趣的靶DNA序列；

b)使用转座酶，将所述靶DNA序列进行片段化的同时，在片段化的DNA序列两端加上接头序列；和

c)利用所述接头序列，获取所述片段化的DNA序列，以产生探针。

根据本发明的再一方面，本发明还涉及进行杂交测定的方法，其包括利用如上所述的方法产生探针，并将靶核酸与所述探针接触。

附图说明

为了更清楚地说明本发明具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为本发明的一个实施方式的流程示意图；

图2为本发明的一个实施方式中，Tn5-FISH与传统BAC FISH联用在WTmESC细胞和Platr22-KOmESC细胞中验证Tn5-FISH基因组位点的标记特异性的比较；

BAC探针(绿色)和Tn5-Platr22探针(红色，图2a，2b)或Tn5-GM19705探针(红色，图2c，2d)在WT mESC细胞(图2a，2c)或Platr22-KO mESC细胞(图2b，2d)中同时进行杂交；