[发明专利]一种检测NTRK融合的FISH探针组及其应用

说明书

本发明公开了一种检测NTRK融合的FISH探针组及其应用，包括NTRK1 5′端探针组、NTRK1 3′端探针组、NTRK2 5′端探针组、NTRK2 3′端探针组、NTRK3 5′端探针组和NTRK3 3′端探针组。本发明操作快速、简便，检测结果准确可靠，可准确检测出NTRK1、NTRK2、NTRK3基因所有融合类型，为肿瘤患者治疗方案提供参考依据，有利于患者个体化靶向治疗，减少药物副作用，提高患者生存质量，减轻家庭、社会负担，适于大规模推广应用。

技术领域

本发明属于分子检测技术领域，具体涉及一种检测NTRK融合的FISH探针组及其应用。

背景技术

NTRK1、NTRK2、NTRK3属于神经营养受体酪氨酸激酶(NTRK)家族，分别位于1、 9、15号染色体，分别负责编码原肌凝蛋白受体激酶(TRK)家族蛋白TrkA、TrkB和TrkC，当胞外配体神经营养因子与Trk蛋白受体结合后，可诱导受体形成二聚体并发生磷酸化，激活RAS/MAPK/ERK、P13K、PLCγ等下游信号通路，参与细胞生长、增殖等过程。TRK 在正常组织表达量低，但在发生融合(伙伴基因作为5’端与NTRK 3’端激酶区融合)时，可导致TRK的异常表达，造成激酶区持续激活，引发肿瘤。

NTRK融合在包括肺癌、乳腺癌、胃癌、结直肠癌、胆管癌、甲状腺癌、唾液腺癌、黑色素瘤、软组织肉瘤、婴儿纤维瘤、脑胶质瘤等多种肿瘤中都有发现，虽然在常见肿瘤如肺癌、乳腺癌、结直肠癌中NTRK融合比例低于5％，但在某些肿瘤如乳头状甲状腺癌、先天性中胚层肾瘤、桥脑胶质瘤发生比例较高，在部分罕见肿瘤如唾液腺乳腺样分泌癌、先天性婴儿纤维瘤、分泌型乳腺癌中发生比例甚至可大于90％。因此，NTRK融合具有广谱性，成为了肿瘤靶向治疗的热门靶点。

拜耳公司和LOXO Oncology公司联合开发的Larotrectinib(拉罗替尼，也称LOXO-101，商品名Vitrakvi)是一款TRK特异性小分子抑制剂，因其具有的广泛而显著的抗肿瘤疗效 (临床试验中，其对17种肿瘤均有效，总体客观反应率(ORR)高达81％)而于2018年11 月26日获得美国FDA批准上市，用于治疗无已知耐药突变的，广泛转移或局部手术治疗效果不好的，现有治疗方案进展或无可替代治疗方案的，NTRK基因融合的成人和儿童实体瘤患者，也就是说，只要具有NTRK1、NTRK2或NTRK3基因融合的患者，不限肿瘤类型，均可以使用拉罗替尼治疗。Ignyta生物技术公司开发的Entrectinib(RXDX-101)是一种口服，具中枢神经系统作用活性的，针对NTRK1/2/3，ROS1和ALK驱动基因的酪氨酸激酶抑制剂，2017年5月FDA授予entrectinib突破性疗法认定，用于治疗NTRK阳性的局部晚期或转移性实体瘤的成人和儿童患者的治疗。临床试验数据显示，entrectinib也是广谱药，对19种肿瘤有效，ORR达57.4％，尤其其具有良好的血脑屏障穿透性，对CNS患者的颅内有效性令人惊喜，ORR为54.5％。因此，检测肿瘤患者NTRK基因融合状态，有助于筛选出Larotrectinib/Entrectinib的敏感人群，指导临床用药。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测NTRK融合的FISH探针组。

本发明的另一目的在于提供一种检测NTRK融合的FISH试剂盒。

本发明的技术方案如下：

一种检测NTRK融合的FISH探针组，包括

NTRK1 5′端探针组，以NTRK1基因着丝粒一侧的核苷酸序列的不同的二BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第一报告基团；

NTRK1 3′端探针组，以NTRK1基因端粒一侧的核苷酸序列的不同的二BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第二报告基团；

NTRK2 5′端探针组，以NTRK2基因着丝粒一侧的核苷酸序列的不同的二BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第一报告基团；