[发明专利]水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的KASP分子标记及其检测方法和应用

权利要求书

1.分子标记用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因pi9；所述分子标记包括SNP位点1和SNP位点2；所述SNP位点1位于如SEQ.ID.NO.1所示序列的第21位，其多态性为C/T；所述SNP位点2位于如SEQ.ID.NO.2所示序列的第21位，其多态性为G/C；

对于SNP位点1：若只检测到碱基T，则判定待检水稻样品为抗稻瘟病纯合基因型；若只检测到碱基C，则判定待检水稻样品为感病纯合基因型；若同时检测到碱基T和C，则判定待检水稻样品为杂合基因型；

对于SNP位点2：若只检测到碱基C，则判定待检水稻样品为感病纯合基因型；若只检测到碱基G，则判定待检水稻样品为抗稻瘟病纯合基因型；若同时检测到碱基C和G，则判定待检水稻样品为杂合基因型。

2.分子标记的检测引物组，其特征在于，所述分子标记包括SNP位点1和SNP位点2，所述SNP位点1位于如SEQ.ID.NO.1所示序列的第21位，其多态性为C/T；所述SNP位点2位于如SEQ.ID.NO.2所示序列的第21位，其多态性为G/C；所述检测引物组包括SNP位点1的引物组和SNP位点2的引物组，SNP位点1的引物组包括引物PrimerX、PrimerY、PrimerC，碱基序列分别如SEQ.ID.NO.3、SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5所示；SNP位点2的引物组包括引物PrimerX’、PrimerY’、PrimerC’，碱基序列分别如SEQ.ID.NO.6、SEQ.ID.NO.7、SEQ.ID.NO.8所示。

3.权利要求2所述检测引物组用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因pi9，对于SNP位点1：若只检测到碱基T，则判定待检水稻样品为抗稻瘟病纯合基因型；若只检测到碱基C，则判定待检水稻样品为感病纯合基因型；若同时检测到碱基T和C，则判定待检水稻样品为杂合基因型；

对于SNP位点2：若只检测到碱基C，则判定待检水稻样品为感病纯合基因型；若只检测到碱基G，则判定待检水稻样品为抗稻瘟病纯合基因型；若同时检测到碱基C和G，则判定待检水稻样品为杂合基因型。

4.含有权利要求2所述检测引物组的试剂盒。

5.权利要求4所述试剂盒在培育具有抗稻瘟病广谱基因pi9水稻中的应用。

6.分子标记的检测方法，其特征在于，所述分子标记包括SNP位点1和SNP位点2，所述SNP位点1位于如SEQ.ID.NO.1所示序列的第21位，其多态性为C/T；所述SNP位点2位于如SEQ.ID.NO.2所示序列的第21位，其多态性为G/C；以水稻基因组DNA为模板，利用特异性检测引物组进行KASP反应检测；所述检测引物组包括SNP位点1的引物组和SNP位点2的引物组，SNP位点1的引物组包括引物PrimerX、PrimerY、PrimerC，碱基序列分别如SEQ.ID.NO.3、SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5所示；SNP位点2的引物组包括引物PrimerX’、PrimerY’、PrimerC’，碱基序列分别如SEQ.ID.NO.6、SEQ.ID.NO.7、SEQ.ID.NO.8所示。

7.根据权利要求6所述的分子标记的检测方法，其特征在于，所述KASP反应检测中Touchdown PCR反应条件为：30℃1min；94℃15min；第一步扩增反应，94℃20sec，61-55℃1min，每个循环退火及延伸温度降低0.6℃，共10个循环；第二步扩增反应，94℃20sec，55℃1min，共26个循环；30℃1min。