[发明专利]水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的KASP分子标记及其检测方法和应用

说明书

本发明公开了水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的分子标记，该分子标记的SNP位点包括SNP位点1和SNP位点2，它们分别位于水稻6号染色体第10389084位或10389610位碱基，相应的分子标记多态性分别为C/T、G/C。据此，结合KASP技术，发明人还设计了相应的检测引物组并建立了相应的检测方法。本发明能高效检测水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的2个SNP分子标记，它们检测pi9基因位点特异性高；利用KASP检测技术可快速鉴定水稻品种中的pi9基因，操作方便，检测结果准确可靠，适用于水稻pi9基因的鉴定及辅助育种，解决了传统选育效率低、育种周期长的难题。

技术领域

本发明属于植物分子标记技术领域，尤其涉及一种水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的KASP分子标记及其检测方法和应用。

背景技术

水稻(Oryza sativa L.)是世界上一半以上人口的主粮。稻瘟病也叫稻热病或火烧瘟，它是一种由稻瘟菌引起的水稻病害，每年可造成生产上高达35％～50％的损失。利用水稻抗病基因优质资源培育水稻抗病新品种是防治稻瘟病最有效、最经济、对环境安全的方法。因此，解析水稻种质抗稻瘟病遗传位点、挖掘优良抗性基因资源，对培育抗病水稻品种具有重要意义。

截至目前，全世界已鉴定了100多个抗稻瘟病主效基因及QTLs位点，在水稻12条染色体上均有分布。自从最早克隆的水稻抗稻瘟病基因Pib和Pi-ta以来，已成功分离克隆了20多个稻瘟病抗性基因，其中第6染色体上的pi9位点是稻瘟病抗性基因成簇分布热点区域，它对稻瘟病菌表现为广谱抗性，为培育广谱抗稻瘟病水稻品种提供了重要基因资源。殷得所、文婷和邹俊锋等分别采用与pi9基因紧密连锁或者共分离的分子标记，辅助回交改良了扬稻6号、E32等恢复系和丰源B等保持系的稻瘟病抗性，经稻瘟病重发区田间自然诱发鉴定证明改良效果显著。

传统的回交选育抗虫水稻品种依赖于水稻的表型选择，环境条件、基因型等都会降低表型选择的效率，且育种周期长。以DNA多态性为基础的分子标记，目前已在作物遗传图谱构建、重要农艺性状基因的标记定位等方面得到广泛应用，尤其是分子标记辅助选择(MAS，marker-assisted selection)技术，它利用与抗虫基因紧密连锁的分子标记进行间接选择，具有稳定性好、操作简便、不受环境影响和等位基因显隐性关系干扰、能聚合多个抗虫基因等优点，提高了抗虫水稻的育种效率。

目前常用的分子标记类型是SNP。KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)因其经济灵活的特点，作为国际上主流SNP检测方法之一，替代传统的高通量测序，在SNP分型研究中发挥重要作用。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的KASP分子标记及其检测方法和应用。

为解决上述技术问题，本发明采用以下技术方案：

水稻抗稻瘟病广谱基因pi9的分子标记，分子标记的SNP位点包括SNP位点1和SNP位点2，它们分别位于水稻6号染色体第10389084位或10389610位碱基，相应的分子标记多态性分别为C/T、G/C。

SNP位点1和SNP位点2具体所在碱基序列含有SEQ.ID.NO.1、SEQ.ID.NO.2，碱基序列的第21位的多态性分别为C/T、G/C。

上述分子标记用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因pi9。

上述分子标记的检测引物组，包括SNP位点1的引物组和SNP位点2的引物组，SNP位点1的引物组包括引物PrimerX、PrimerY、PrimerC，它们分别具有SEQ.ID.NO.3、SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5的碱基序列；SNP位点2的引物组包括引物PrimerX’、PrimerY’、PrimerC’，它们分别具有SEQ.ID.NO.6、SEQ.ID.NO.7、SEQ.ID.NO.8的碱基序列。

上述检测引物组用于检测水稻抗稻瘟病广谱基因pi9。