[发明专利]量化靶基因的突变型等位基因负担的方法

说明书

本发明涉及量化在体内的靶基因的突变型等位基因负担的方法及试剂盒。本发明也揭示核酸试剂供应用于制备用来量化在体内的靶基因的突变型等位基因负担的试剂盒的用途，该核酸试剂包括：第一质粒、第二质粒以及反应混合物，其中，使用该试剂盒来量化该靶基因的突变型等位基因负担的步骤包括：提供包括突变型等位基因序列以及内部对照序列的第一质粒，以及包括野生型等位基因序列以及该内部对照序列的第二质粒，以及使该个体的DNA进行定量聚合酶链式反应来测量该靶基因的突变型等位基因表达水平，依据通过该第一与第二质粒的连续稀释所建立的该靶基因的突变型等位基因负担的标准曲线来推定在该个体内的靶基因的突变型等位基因负担。

【技术领域】

本发明是有关于一种通过使用重组型质粒对(recombinant plasmid pair)作为标准品(standard)来量化靶基因的突变型等位基因负担(mutant allele burden)的方法。

【背景技术】

典型的骨髓增生性肿瘤(myeloproliferative neoplasms,MPNs)是多潜能性造血干细胞疾病(multipotent hematopoietic stem cell disorders)，其特征在于各种血球的过量生成。MPNs包括三种主要的临床实体(clinical entities)，亦即，真性红血球增多症(polycythemia vera,PV)、原发性血小板增多症(essential thrombocythemia,ET)以及原发性骨髓纤维化(primary myelofibrosis,PMF)。构成世界卫生组织(World HealthOrganization,WHO)分类的诊断规范(diagnostic criteria)的MPNs的遗传背景的一个特点是MPN-限制的驱动突变(MPN-restricted driver mutations)，包括在詹纳斯氏激酶2(Janus kinase 2,JAK2)、钙网伴护蛋白(calreticulin,CALR)以及骨髓增生性白血病病毒(myeloproliferative leukemia virus,MPL)中的那些。在互斥的驱动基因(mutuallyexclusive driver genes)中的任一突变会导致下游的信息级联(signaling cascade)的持续活化，其继而导致造血前驱细胞(hematopoietic precursor cell)的株落增生(clonal proliferation)以及最终分化的、完全地功能性血球的过量生成。

关于典型的MPNs，在JAK2中的突变包括JAK2 V617F热点突变(hotspot mutation)以及外显子12突变(exon 12mutations)。特别地，JAK2 V617F的等位基因负担(alleleburden)在MPNs中具有重要的病理学与临床意义。先前的研究已经证实：在小鼠模型中，JAK2 V617F同型接合性(homozygosity)能驱动表现型(phenotypic)自ET转换至PV，并且如同在临床研究中所见，即使在一个特定的MPN亚型中，在PV中的等位基因负担高于ET所具者是与独特的疾病表现型相关的。例如，具有较高的JAK2 V617F的等位基因负担的MPN病患更可能遭受严重的血栓事件(thrombotic events)。这些研究强调了精密的测定与在患病个体中JAK2V617F突变型等位基因负担的量化的重要性。