[发明专利]缺氧相关基因在结直肠癌预测系统中的应用

说明书

本发明提供了缺氧相关基因在结直肠癌预测系统中的应用，本发明结合缺氧相关基因，找到一组可以稳定预测II/III期结直肠癌预后的12个缺氧相关基因；在不需要使用标准化技术平台统一测量前提下，可以兼容任何类型的测量平台来预测II/III期结直肠癌的预后。

技术领域

本发明涉及缺氧相关基因在结直肠癌预测系统中的应用。

背景技术

结直肠癌(CRC)是世界常见癌症之一，每年有接近140万新发病例。虽然新治疗方案层出不穷，但是5年存活率只有55％。手术治疗作为一线方案，但是按照传统临床特征定义为同一类型的病人，治疗后的预后效果也有很大区别。近年来研究认为这主要是有癌症病人的分子异质性导致。

基因分子标志物，是指基于一组基因的表达，通过机器学习建立数学模型，用于预测临床上的具体目标。近年来基因表达检测手段已经相当成熟，包括高通量的RNA测序技术、微阵列技术(Microarray)，以及相对低通量的实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)和NanoString技术等。但是如何找到一组用于结直肠癌预后预测的基因组合，以及优化的数学模型用于预测，并能达到良好效果，已知的研究较少。

缺氧相关基因，已被近年来的大量研究指出，其癌症的产生和发展起了至关重要的作用。特别是，免疫微环境和结直肠癌的发展有紧密联系，均和缺氧相关。但是，目前少有用缺氧相关基因来预测结直肠癌预后且未有大规模研究。

现有技术的主要缺点：没有有机结合缺氧相关基因在结直肠癌上的作用，且没有进行大规模验证。更重要的是，已有的基因组合在使用时有诸多问题，例如，很多产品要求必须使用一整套试剂盒，在完全标准的前提下需对病人重新测量才能进行预测，对其他测量手段没有兼容性。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术存在的不足之处而提供了缺氧相关基因在结直肠癌预测系统中的应用，通过检测本发明发筛选出的12个缺氧相关基因的表达水平，并代入风险模型中即可准确判断II/III期结直肠癌病人治疗后的预后风险。

为实现上述目的，所采取的技术方案：基因TNFAIP8、ORAI3、MINPP1、MBTD1、TRAF3、CYB5R3、ZBTB44、CASP6、DTX3L、FAM117B、PRELID2和IRF1的联合使用在制备用于预测II/III期结直肠癌病人预后的试剂盒中的应用。

另外，本发明还提供检测缺氧相关基因的表达水平的试剂在制备用于预测II/III期结直肠癌病人预后的试剂盒中的应用，所述试剂用于检测基因TNFAIP8、ORAI3、MINPP1、MBTD1、TRAF3、CYB5R3、ZBTB44、CASP6、DTX3L、FAM117B、PRELID2和IRF1的mRNA表达水平。

另外，本发明还提供一种用于预测II/III期结直肠癌病人预后的试剂盒，其包括用于检测检测基因TNFAIP8、ORAI3、MINPP1、MBTD1、TRAF3、CYB5R3、ZBTB44、CASP6、DTX3L、FAM117B、PRELID2和IRF1的mRNA表达水平的试剂。

另外，本发明还提供一种用于预测II/III期结直肠癌病人预后的系统，其包括：

数据输入模块，用于将结直肠癌病人的缺氧相关基因的mRNA表达值的结果输入模型计算模块，所述缺氧相关基因包括基因TNFAIP8、ORAI3、MINPP1、MBTD1、TRAF3、CYB5R3、ZBTB44、CASP6、DTX3L、FAM117B、PRELID2和IRF1；所述mRNA表达值为通过Bioconductor的GEOquery程序包标准化处理后的mRNA表达水平数据；