[发明专利]用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统

说明书

本发明提供一种用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统。所述用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物包括SEQ ID NO：01至SEQ ID NO：94所示的序列。本发明提供的所述用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统，解决了以下现有的技术问题:1.现有技术主要检测BRAF基因的点突变，检测范围有限；2.实时荧光定量PCR检测、基因芯片只能检测已知位点；3.Sanger测序检验长度小于800bp的范围；4.不能检测低频突变；5.检测多个位点时操作繁琐、费用高。

技术领域

本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统。

背景技术

BRAF（B-raf）基因编码一种属于丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的蛋白质，是RAS/RAF/MEK/ ERK/ MAP信号传导通路中重要的转导因子，参与调控MAPKinse/ERK信号传导途径，从而影响诸如细胞生长、分化和凋亡等。研究表明，BRAF基因也是重要致癌基因之—，在多种人类恶性肿瘤中，如恶性黑色素瘤、结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）、甲状腺癌、肝癌、胰腺癌以及毛细胞性白血病等，均检出不同比例的BRAF基因突变。

BRAF基因的转录本NM_001354609.1全长2342bp，有18个外显子，已知最常见的突变形式主要是外显子15上第1860位（编码序列的第1799位）及附近的不同形式的点突变，导致第600位缬氨酸V突变为其他种氨基酸（谷氨酸E、天冬氨酸D、赖氨酸K、甲硫氨酸M、丙氨酸A），对于其他位点的研究较少。

针对BRAF基因突变，目前常见的是运用Sanger测序、PCR检测、基因芯片等方法，检测BRAF基因的外显子15上第1860位附近的点突变，检测范围小，且当涉及多个位点时操作极度繁琐、费用高昂、可行性低。

全外显子测序的难点在于探针的设计和优化，要求探针序列组合成型后，性能稳定、操作简便，且其片段长度更加适合illumina测序平台。

专利“CN103667268B-用于与BRAF基因杂交的DNA探针库及采用其富集BRAF基因片段的方法”，其中涉及到的探针一共只有6条，每条探针可捕获的序列至多600bp，由于BRAF基因有多达17个内含子，该方法至多可以检测18条外显子中的6条，仍有大量的位点没有覆盖到。

发明内容

为解决现有技术的的BRAF基因突变检测多为针对BRAF基因的外显子15上第1860位点进行检测，存在多种局限性的技术问题，本发明提供一种解决上述问题的用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物、试剂及控制系统。

用于BRAF基因全外显子二代测序的探针组合物，包括SEQ ID NO：01至 SEQ IDNO：94所示的序列。

用于BRAF基因全外显子二代测序的试剂，包括上文所述的探针组合物及二代测序所需试剂。

用于BRAF基因全外显子二代测序的控制系统包括：

检测模块，采用上文所述的用于BRAF基因全外显子二代测序的试剂进行二代测序；

显示模块，将检测结果转换为可视化数据，并将可视化的数据于显示设备进行展示；

分析模块：基于预设的质控程序对检测结果进行验证，并将验证结果于同一显示设备进行展示。

其中，运行所述检测模块包括以下步骤：

步骤一：文库构建，包括gDNA浓度检测及稀释、gDNA片段化、末端修复和A碱基的添加、接头的连接及连接产物的纯化、文库片段筛选、PCR扩增及扩增产物的纯化、终文库QC；

步骤二：杂交捕获，包括文库Pooling、变性与杂交、捕获洗脱、PCR扩增与扩增产物的纯化；