[发明专利]具有聚合酶不可读的编码性寡核苷酸连接的DNA编码文库

权利要求书

1.一种确定复合物的核苷酸序列的方法，所述方法包括：

(a)提供包括化学连接的所述复合物，其中，所述化学连接是交联寡核苷酸，所述交联寡核苷酸跨越两个相邻标签之间的结点，并且所述交联寡核苷酸经由一个或多个可逆共反应性基团与所述两个相邻标签操作地关联；

(b)释放所述交联寡核苷酸以产生模板；

(c)可选地通过聚合酶链式反应扩增所述模板以产生扩增的混合物；和

(d)测序所述可选扩增的混合物以确定所述复合物的序列，

其中所述复合物包括：

(i)化学实体，其包括一个或多个支架或者一个或多个结构单元；

(ii)第一寡核苷酸标签，其编码所述一个或多个支架或者结构单元中的至少一个的特性；和

(iii)帽部分，其具有第一官能团和第二官能团，其中所述第一官能团与所述化学实体操作地关联且所述第二官能团经由第一连接与所述第一寡核苷酸标签操作地关联，对于所述第一连接，聚合酶具有降低的通读或移位通过的能力；或者

其中所述复合物包括：

(i)化学实体，其包括一个或多个支架或者一个或多个结构单元；

(ii)具有n-1连接的n个数量的寡核苷酸标签，其中n是1和10之间的整数，并且其中每个所述连接是在两个相邻标签之间，并且每个标签编码所述一个或多个支架或者结构单元中的至少一个的特性；和

(iii)帽部分，其具有与所述化学实体操作地关联的第一官能团和与所述n个数量的标签中的至少一个经由第一连接操作地关联的第二官能团，

其中，聚合酶具有降低的通读或移位通过所述第一连接和n-1连接中的至少一个的能力。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述交联寡核苷酸的一部分杂交至两个相邻标签的末端，从而产生所述两个相邻标签之间的缺口或空位。

3.根据权利要求2所述的方法，进一步包括在步骤(b)之前使用化学处理或酶处理连接所述标签。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述化学处理或酶处理包括5'-磷酸化。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，进一步包括在所述可选扩增步骤或所述测序步骤之前修复所述模板。

6.根据权利要求5所述的方法，其中，所述修复步骤包括将所述第一连接和/或n-1连接中的至少一个修饰成为能够由聚合酶通读或移位通过的修复连接。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述聚合酶能够通读或移位通过至少90％的所述修复连接。

8.根据权利要求5至7中任一项所述的方法，其中，所述修复步骤包括为所述模板提供修复酶。

9.根据权利要求8所述的方法，其中，所述修复酶是光裂合酶、糖基化酶、核酸内切酶、Flap核酸内切酶、脱嘌呤/脱嘧啶(AP)核酸内切酶、聚ADP核糖聚合酶或甲基转移酶。

10.根据权利要求9所述的方法，其中，所述聚合酶具有降低的通读或移位通过所述第一连接和n-1连接的至少约10％的能力。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中，一个或多个标签包括在所述一个或多个标签的5'-末端处的5'-连接子和在所述一个或多个标签的3'-末端处的3'-连接子。

12.根据权利要求11所述的方法，其中，每个5'-连接子包括相同的序列。

13.根据权利要求11或12所述的方法，其中，每个3'-连接子包括相同的序列。

14.根据权利要求11所述的方法，其中，每个5'-连接子和/或每个3'-连接子包括不同的序列。