[发明专利]具有聚合酶不可读的编码性寡核苷酸连接的DNA编码文库

说明书

本发明涉及具有聚合酶不可读的编码性寡核苷酸连接的DNA编码文库。本发明涉及寡核苷酸编码文库的复合物以及使此类文库加标签和使用此类文库的方法。特别是，寡核苷酸和方法可以包括具有至少一个连接的复合物，对于该连接，聚合酶具有降低的通读或移位通过的能力。

本申请是申请日为2013年7月12日的题为“具有聚合酶不可读的编码性寡核苷酸连接的DNA编码文库”的中国专利申请第201380047931.0号的分案申请。

相关申请的参考

本申请要求于2012年7月13日提交的美国临时申请号US 61/671,406的权益，其通过参考方式以其全部内容并入本文。

技术领域

本发明总体上涉及化合物的DNA编码文库(DNA编码库，DNA编码分子库，DNA-encoded libraries)和使用并创建此类文库的方法。本发明也涉及用于在此类文库中使用的组合物。

背景技术

DNA编码组合文库提供用于药物发现的许多好处。这些文库可以提供大量的不同化合物，其可被快速筛选和询问。为了进一步增加复杂性，可以编程和自动化进行发现过程的各个步骤。这些步骤包括使用多步、拆分和合并(split-and-pool)合成以将结构单元(building block)添加至原子或多原子支架和使用酶学和/或化学连接以添加编码合成步骤和结构单元的寡核苷酸标签(oligonucleotide tags)。

尽管有这些好处，但当必须合成且去卷积非常大或复杂的文库时，可出现许多问题。随着文库的大小增加，可能需要改善的方法以提供使用强大且快速的方法的高产量的编码寡核苷酸标签连接。为了在不同反应条件下创建文库，稳定的寡核苷酸构建体将是有益的，如在高pH和高温条件下稳定的构建体。为简化标签的去卷积，可以由DNA或RNA依赖性聚合酶来识别标签的序列，使得可以通过模板依赖性聚合和序列测定来确定标签群体(标签数量，tag population)统计。当创建具有所有这些有益属性的文库时，可能出现困难。因此，在寡核苷酸编码文库中，存在对于改善的、更强大的筛选和识别小化合物的方法的需要。

发明内容

本发明的特征在于用于在DNA编码文库中使用的复合物，其中这些复合物具有一个或多个连接(键，linkage)，对于其聚合酶具有降低的通读或移位通过(read ortranslocate through)的能力。为了发现编码区(例如，帽部分(帽结构，headpiece)、一个或多个标签和/或尾部分(尾结构，tailpiece)的特性(identity)，该连接在它暴露于聚合酶之前是反向的或可替代地被聚合酶绕过。该连接可以任何有用的方式被绕过，该方式不可捕获标签的所有序列信息(例如，如在5'-或3'-连接子中，如本文所描述的)，但捕获标签的编码性序列(encoding sequence)信息。此类连接可以获得错误加标签(mis-tagging)的较低发生率、扩展将要在制备复合物和文库中使用的连接的数量和种类并提供用于创建和筛选DNA编码的复合物的非酶方法。在本文中描述这些复合物和方法的另外的优点。

因此，在一个方面，本发明的特征在于复合物，包括：化学实体，其包括一个或多个支架或者一个或多个结构单元；第一寡核苷酸标签，其编码一个或多个支架或者结构单元中的至少一个的特性；和帽部分，其具有第一官能团和第二官能团，其中第一官能团与化学实体操作地关联且第二官能团经由第一连接与第一标签操作地关联，对于该连接，聚合酶具有降低的通读或移位通过的能力。

在另一个方面，本发明的特征在于复合物，包括：化学实体，其包括一个或多个支架或者一个或多个结构单元；具有n-1连接的n个数量寡核苷酸标签，其中n是1和约10之间的整数，并且其中每个连接在两个相邻标签之间且每个标签编码一个或多个支架或者结构单元中的至少一个的特性；和帽部分，其具有与化学实体操作地关联的第一官能团和经由第一连接与n个数量的标签中的至少一个操作地关联的第二官能团，其中聚合酶具有降低的通读或移位通过第一连接和n-1连接中的至少一个的能力。