[发明专利]Sanger法测序中确定单核苷酸多态性的方法

权利要求书

1.Sanger法测序中确定单核苷酸多态性的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

步骤1：根据每个待测序列的长度，设计N对引物进行PCR扩增，N为不小于2的整数，N对引物能够完全覆盖待测序列；

步骤2：对每个待测序列的扩增产物进行Sanger法测序，每个待测序列生成2N个Sanger测序abi文件，每个待测序列的abi文件进行命名，以便于根据该命名来识别来源于同一个待测序列；

步骤3：将所述Sanger测序abi文件转化成文本格式文件，并对碱基信号值做归一化处理；

步骤4：通过滑窗方法删除低于预设碱基质量值的序列，同步删除低于预设碱基质量值的序列区域所对应的碱基质量值，获得高质量碱基序列及相应的碱基质量值，所述滑窗方法中使用的滑窗范围为5-10bp，所述预设碱基质量值为50-60；

步骤5：将来源于同一个待测序列的所述高质量的碱基序列文件通过构建kmer哈希表，以kmer序列为哈希表的键，以kmer序列在整条序列中出现的次数为该键所对应的值，使用kmer值进行所述高质量碱基序列拼接组装，所述kmer值范围为90-150bp；将来源于同一个待测序列的高质量序列文件按照待测序列名称中的引物名称进行排序，分别构建相邻的两条待拼接序列的kmer哈希表，以kmer序列为哈希表的键，以kmer序列在整条序列中出现的次数为该键所对应的值，分别从相邻两条序列所对应的哈希表的键中检索是否存在相同的代表kmer序列的键，并且该键仅对应唯一的值，当两条序列中不存在相同的键时，对kmer值减1，继续进行搜索，直至找到最大kmer值为止，基于相邻两条序列中同时存在且唯一的所有kmer序列所对应的位置信息，定位出两序列之间最大的重叠区间，获得该区间在两条序列中的位置信息；和

步骤6：基于步骤4得到的高质量碱基序列及相应的碱基质量值，获得每个碱基位点的次最大碱基信号值和最大碱基信号值的比值，当该值大于预设值时，评估每条拼接组装后的序列的多态性位点，然后储存并输出每条待测序列的多态性位点信息，所述预设值不小于0.25。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤2中，所述待测序列的每个abi文件以待测序列名称+引物名称方式进行命名。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤6中，单核苷酸多态性位点识别结果以Excel文件格式输出，记录单核苷酸多态性位点在拼接序列中的坐标位置以及相对应的碱基。