[发明专利]基于二代测序的用于神经胶质瘤1p/19q联合缺失检测的系统

说明书

本发明公开了一种基于二代测序的用于神经胶质瘤1p/19q联合缺失检测的系统。该系统包括：SNP位点筛选装置、无对照样本SNP检测装置和/或有对照样本SNP检测装置，其中，SNP位点筛选装置用于根据现有数据库筛选人类1号染色体和19号染色体上的SNP位点得到第一组SNP位点，无对照样本SNP检测装置包括：第一测序模块，用于对待测样本和一组阴性样本进行测序；第一SNP检测模块；第一gSNP位点筛选模块；第二SNP检测模块；第一计算统计模块；以及第一判断模块。应用本发明的系统同时结合1q和19p上的信息对1p和19q的信息做校正，提高了检测准确性，可以高效、便捷、准确地进行1p/19q联合缺失鉴定。

技术领域

本发明涉及医疗器械技术领域，具体而言，涉及一种基于二代测序的用于神经胶质瘤 1p/19q联合缺失检测的系统。

背景技术

高通量测序技术(High-Throughput Sequencing)是将DNA连接接头，制备测序文库，通过对文库中数以万计的克隆进行延伸反应，检测对应的信号，最终获取序列信息，一次对几十万到几百万条DNA分子进行测序，这是对传统一代测序的革命性改变，所以称为下一代测序(Next Generation Sequencing，NGS)，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又称为浓度测序(Deep sequencing)。

NGS检测方法通量高，可对大量的基因进行检测，满足临床检测的需求，既可以对已知突变位点进行检测，也能对未知突变位点进行检测，此外NGS检测方法还可以对各种突变类型进行检测，对临床上的各类样本，如全血、组织、FFPE样本、cfDNA等其他样本类型均能够进行检测。

当前主要的测序技术平台，主要分为：

(1)Solexa测序技术(目前主流的illumina测序平台)；

(2)454测序技术(读长长，但是准确度较低，成本较高，及焦磷酸测序技术，时长占有少)；

(3)Solid测序技术(双色编码技术)。

目标序列捕获测序技术(Targeted Resequencing)是针对感兴趣的基因组区域设计特异性探针，将其与基因组DNA进行杂交，富集目标基因组区域的DNA片段，而后利用高通量测序技术进行测序的检测方法。

脑胶质瘤(Glioma)是最常见的颅内原发恶性肿瘤，在成年人中，胶质瘤是最常见的原发性颅内肿瘤，约占所有脑部肿瘤的30～40％。在原发性恶性中枢神经系统肿瘤中，胶质母细胞瘤(Glioblastoma,GBM)的发病率最高，占了46.1％，约为3.20/100000，中位发病年龄为 65岁，中位总生存期为14.6个月，治疗效果并不理想。临床具有高发病率、术后高复发性及低治愈率的特点。

脑胶质瘤根据其肿瘤细胞形态学与正常脑胶质细胞的相似程度(并不一定是其真正的细胞起源)，可划分为：星型细胞瘤——星形细胞；少突细胞瘤——少突细胞；室管膜瘤——室管膜细胞；混合胶质瘤——例如少突星形细胞瘤，包含了混杂类型的胶质细胞。

按照世界卫生组织(WHO)制定的分级系统，按肿瘤细胞的恶性程度可划分为1级(恶性程度最低、预后最好)到4级(恶性程度最高、预后最差)。其中，传统细胞病理学所谓的间变胶质瘤与WHO的3级相对应；胶质母细胞瘤与WHO的4级相对应。根据此分级系统，脑胶质瘤按肿瘤细胞在病理学上的恶性程度，可以进一步分类：

1)低级别胶质瘤(WHO I～II级)为分化良好的胶质瘤；虽然这类肿瘤在生物上并不属于良性肿瘤，但是患者的预后相对较好；

2)高级别胶质瘤(WHO III～IV级)为低分化胶质瘤；这类肿瘤为恶性肿瘤，患者预后较差。