[发明专利]一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法及其应用

权利要求书

1.一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法，其特征在于：包括以下步骤：

利用实时荧光定量PCR，以待测茶卡羊基因组DNA为模板，分别扩增KAT6A基因拷贝数变异区域，以及作为内参序列的ANKDR1基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定茶卡羊KAT6A基因的拷贝数变异类型；

所述的KAT6A基因拷贝数变异区域的扩增引物对为：

上游引物F1：5’- CTCACTGTTAGTGACTTTGATGCC -3’

下游引物R1：5’- CGGCTTTTAGAGGCATCTGG -3’ ；

所述的ANKDR1基因的部分片段的扩增引物对为：

上游引物F2：5’- TGGGCACCACGAAATTCTCA -3’

下游引物R2：5’- TGGCAGAAATGTGCGAACG -3’ ；

所述的拷贝数变异类型是根据2*2^–ΔΔCt将定量结果分为的三类：插入型，2*2^–ΔΔCt 2.5；缺失型，2*2^–ΔΔCt 1.5；正常型，1.5≤2*2^–ΔΔCt≤2.5。

2.如权利要求1所述一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法，其特征在于：所述的实时荧光定量PCR的反应程序为：94 ℃预变性4 min；94 ℃变性10 s，60 ℃退火1 min，共39个循环。

3.一种如权利要求1-2中任意一项权利要求所述的方法在茶卡羊分子标记辅助选择生长性状育种中的应用，其特征在于：所述生长性状为体长。

4.如权利要求3所述的应用，其特征在于：具有缺失型拷贝数变异类型的个体体长优于具有正常型和插入型拷贝数变异类型的个体。

5.一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的实时荧光定量PCR试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于扩增茶卡羊KAT6A基因拷贝数变异区域的引物对；

所述的KAT6A基因拷贝数变异区域的扩增引物对为：

上游引物F1：5’- CTCACTGTTAGTGACTTTGATGCC -3’

下游引物R1：5’- CGGCTTTTAGAGGCATCTGG -3’ ；

所述试剂盒还包括用于扩增内参序列的引物对，内参序列选自ANKDR1基因的部分片段；

所述的ANKDR1基因的部分片段的扩增引物对为：

上游引物F2：5’- TGGGCACCACGAAATTCTCA -3’

下游引物R2：5’- TGGCAGAAATGTGCGAACG -3’。