[发明专利]一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法及其应用。基于实时荧光定量PCR技术，以茶卡羊的血液全基因组DNA为模板，扩增茶卡羊KAT6A基因拷贝数变异区域，并以扩增的茶卡羊ANKDR1基因片段作为内参，利用2^–ΔΔCt的方法计算个体的拷贝数，通过对拷贝数变异与生长性状进行关联分析，该拷贝数变异区域的不同基因型显著影响茶卡羊的生长性状。本发明在DNA水平上检测与茶卡羊生长性状密切相关的分子遗传标记，可用于茶卡羊生长性状的标记辅助选择，以便快速建立遗传资源优良的茶卡羊种群。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因拷贝数变异(CNV)的检测，特别涉及一种检测茶卡羊KAT6A基因UTR区拷贝数变异的方法。

背景技术

拷贝数变异(CNV)为基因组区段的重复或缺失，其大小范围从50个碱基对(bps)到兆碱基对(mbp)不等，并且在物种的个体之间变化，是个体中遗传变异的重要来源。基因拷贝数变异可能通过基因剂量、表达调控变化和隐性等位基因暴露等现象影响生物表型。CNV已在人类和许多模式生物中得到广泛研究，家畜拷贝数变异也在陆续的进行研究。基因拷贝数变异被认为是遗传变异的重要来源，而基因拷贝数变异与重要的经济性状和物种进化密切相关。基于CNV的分子遗传标记在表型多态性和进化研究中具有重要作用。

目前，对基因组己知的CNV检测主要有两种方法，基于PCR的检测技术和基于杂交的检测技术。PCR的检测技术主要包括实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR，qPCR)、依赖连接的多重扩增探针杂交技术(multiplex ligation-dependent probeamplification,MLPA)和短片段多重定量技术(quantitative multiplex PCR of shortfluorescent fragments,QMPSF)。目前使用最广泛的是qPCR技术，该方法敏感性高、操作方法简单、速度快、重复性好且污染少，但不适用于大样本的高通量检测。杂交技术主要包括Southern blotting杂交、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、多重扩增探针杂交技术(multiplex amplifiable probe hybridization,MAPH)等，但这些方法成本高、时间长而且不够准确，目前使用较少。

青海高原毛肉兼用半细毛羊，最早是在茶卡地区进行改良繁殖的，又名茶卡羊。茶卡羊是由新疆细毛羊和茨盖羊与当地的藏羊和蒙古羊杂交，后又引入罗姆尼羊进行横交固定培育而成。

K(赖氨酸)乙酰转移酶6A(KAT6A)位于绵羊26号染色体。KAT6A基因在调节发育基因表达的基因特异性组蛋白乙酰化以及P53乙酰化和信号转导中起着重要作用，如分解代谢、细胞迁移、干细胞维持与衰老。KAT6A基因突变引起包括原发性小头畸形、包括严重的语言发育迟缓在内的整体发育迟缓、颅面畸形，以及，如喂养困难、心脏缺陷和眼部异常。但对于KAT6A基因的拷贝数变异与绵羊个体生长性状差异关联关系的研究还未见报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法及其应用，加快建立遗传资源优良的茶卡羊种群。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测茶卡羊KAT6A基因CNV标记的方法，包括以下步骤：

以待测茶卡羊血液全基因组DNA为模板，以引物对KAT6A-CNV以及引物对ANKDR1-REF为引物，通过实时荧光定量PCR分别扩增KAT6A基因拷贝数变异区域以及作为内参序列的ANKDR1基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定茶卡羊个体KAT6A基因的拷贝数变异类型；所述的KAT6A基因拷贝数变异区域位于绵羊KAT6A基因参考基因组序列NC_040277.1的35305201bp至35310000bp，共4800bp。