[发明专利]一种基于全基因组SNP信息划分种猪血统的方法

权利要求书

1.一种基于全基因组SNP信息进行种猪血统划分的方法，其特征在于，通过挖掘猪个体基因组的SNP基因型，通过基因组数据计算两两个体间的加性遗传相关，然后确定血统划分的阈值，通过聚类分析将所有种猪划分到不同血统中；包括以下步骤：

S1：从待血统划分的猪个体中提取DNA，得到基因组SNP的基因型信息；

S2、SNP质量控制：将S1中得到的基因组SNP位点进行筛选，选取SNP位点，所述SNP位点满足以下要求：

1)只选择有两种等位基因的SNP位点；2)群体最小等位基因频率MAF≥0.01；3)哈代-温伯格平衡检验P-value≥1×10^-5；4)单个位点在群体中缺失率低于20％；S3：通过基因组SNP数据计算两两个体间的加性遗传相关，然后通过聚类分析对所有个体进行聚类，划定阈值进行血统划分

在S3中，通过下式计算个体间的加性遗传相关：

其中Aij为第i个体和第j个体的加性遗传相关值，一共有m个有效SNP位点，缺失SNP位点不参与计算，Bik为第i个体第k个有效SNP位点的基因型，Bjk为第j个体第k个有效SNP位点的基因型，pk为第k个有效的SNP位点的等位基因a在群体中的频率。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在S2中，假设某SNP位点参考序列中的等位基因为A，突变等位基因为a，对所有SNP位点，按照基因型为AA，Aa和aa分别重编码为0，1和2，若有某个体在该位点缺失，则编码为5。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述加性遗传计算公式适应物种为二倍体物种。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将个体间计算的加性遗传相关通过公式Aij'＝1-Aij进行转换，然后对所有转换后的Aij'采用R语言“hclust”函数中的类平均法进行聚类分析。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，将Aij'＝0.9844作为划分血统的阈值，类间距离小于0.9844将被认为是同一血统。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在S1中，通过剪取耳朵组织来提取DNA，采用GBS技术对待血统划分的猪构建基因组文库。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在IlluminaHiSeq X Ten高通量测序平台上进行测序，获得的原始数据通过Fastqc软件进行质控，处理过的片段通过BWA 0.7.15软件比对到参考基因组上，在进行碱基质量校正后，通过GATK 4.0.6.0软件进行SNP分型。

8.根据权利要求1-7任意一项所述的方法在动物育种领域中的应用。