[发明专利]一种基于全基因组SNP信息划分种猪血统的方法

说明书

本发明公开了一种基于全基因组SNP信息对种猪进行血统划分的方法。先对划分对象采集身体组织，提取DNA，通过某种基因分型技术对每个体的基因组SNP进行分型，通过质控，筛选出合格的SNP位点。通过基因组SNP基因型计算个体间的加性遗传相关值，然后用1减去该值作为两两个体之间的“距离”，接下来对两两组合通过R语言“hclust”函数进行聚类分析，取0.9844作为划分血统的阈值。本发明相对传统血统划分方法，得到的结果清晰简洁，并且充分吸收了来自父母双方传递的等位基因信息，对血统的划分具有更高的可靠性。

技术领域

本发明涉及动物育种领域，尤其涉及一种基于全基因组SNP信息划分种猪血统的方法。

背景技术

育种学上通常认为交配双亲距离共同祖先数在6代以内(即后代近交系数大于0.78％)则为近亲交配，简称近交。由于近交能够增加隐性有害纯合子发生的概率，因而有可能导致近交衰退。因此，核心种猪场进行亲缘选配的目的通常是为避免近交的发生，而场内有足够多的血统则是防止近交衰退的必要条件。为保证有足够多血统，则需要对场内待选种猪进行精确的血统划分，并在选种时充分保证每个血统的种猪数量。因此，精确划分种猪血统是保证选种和选配工作顺利进行的必要前提。

在选种时，育种人员除将性能作为选种依据外，往往也兼顾血统，然而血统的划分方法却存在争议。以种猪为例，通常认为两头种公猪在6代以内没有任何血缘关系则可划分到两个血统中，但是在实际应用中，由于个体数量众多并且系谱记录十分复杂，为便于观察，育种人员往往只考虑来自父亲方面的系谱信息。若两头种猪在6代以内在父系来源上有共同祖先则属于同一血统，否则为不同血统。该方法虽然操作简单，但却忽略了母亲的存在，因为母猪是多胎动物，可以在不同胎次与不同公猪交配，因此可能会出现大量“同母异父”的情况，而上述血统划分方法无法考虑这种情况。此外，系谱的记录可能存在错误，即使记录准确无误，等位基因在世代中多次传递，后代间基因相似程度有多少也未可知。因此，急需寻找一种更精确的种猪血统划分方法。

发明内容

本发明的目的在于建立一种基于全基因组SNP信息的种猪血统划分方法，解决现有技术中划分方法不可靠，只考虑来自父亲方面的系谱信息的问题。

本发明具体技术方案如下：

随着高通量测序技术的发展，目前已经可以在动植物上获取个体基因组的SNP信息，早在2001年Meuwissen等人就提出基因组选择的概念，利用基因组高密度的SNP来预测个体的育种值并进行选种。基因组选择能够准确预测个体育种值的根本原因在于该方法准确预测了个体间的亲缘关系，并且比常规育种用系谱预测个体间关系更加准确。通过基因组SNP数据可以计算两个体间的加性遗传相关，而加性遗传相关等于两个体共亲系数的2倍，共亲系数即是两个体交配所产生后代的近交系数，因此可以通过基因组SNP数据预测两个体交配发生近交的可能性。因此，我们认为可以用一种基于全基因组SNP标记的血统划分方法来替代传统血统划分方法，所开发的新方法在划分种猪血统上应比传统方法具有更高的可靠性。

本发明一方面公开了一种基于全基因组SNP信息进行种猪血统划分的方法，通过挖掘猪个体基因组的SNP基因型，通过基因组数据计算两两个体间的加性遗传相关，然后确定血统划分的阈值，通过聚类分析将所有种猪划分到不同血统中。

其中，基因组SNP分型手段不仅仅局限于某种实验技术和生物信息分析方法，所有成熟的实验技术和生物信息分析方法获得的基因组SNP均可用于进行种猪血统划分。

优选的，具体包括以下步骤：

S1：从待血统划分的猪个体中提取DNA，得到基因组SNP的基因型信息；

S2、SNP质量控制：将S1中得到的基因组SNP位点进行筛选，选取SNP位点，所述SNP位点满足以下要求：