[发明专利]一种与猪背膘厚关联的GHR基因内SINE转座子多态分子标记、检测方法及应用

说明书

本发明公开了一种与猪背膘厚关联的GHR基因内SINE转座子多态分子标记、检测方法及应用。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自GHR基因，该序列的200到493位点存在一个反向SINE转座子的插入多态性位点，该位点表现为SINE^+/+、SINE^+/‑或SINE^‑/‑三种基因型，纯合插入基因型（SINE^+/+）的个体背膘厚显著小于纯合无插入基因型（SINE^‑/‑）的个体。本发明的GHR基因内SINE转座子多态分子标记可以用于家系选育的早期选择，也可在选配中提供分子依据。将会对背膘性状的选育提供强有力的辅助作用，加快育种进程，减少育种成本。本发明的GHR基因内SINE转座子多态分子标记为筛选猪的背膘厚提供了新的方法。

技术领域

本发明属于动物遗传育种领域，同时涉及生物信息学及分子生物学领域，具体涉及一种与猪背膘厚相关的GHR基因内SINE转座子多态分子标记、其获取方法及应用。

背景技术

在猪基因组中，反转录转座子是基因组的主要组成成分，占猪基因组中的37.10％，占重复序列的91.49％。由于转座子在基因组中的高覆盖率以及它们具有移动的能力，从而认为转座子是基因组结构变异的重要贡献者，并可能在多个水平上影响宿主基因的活性。已有超过100种反转录转座子介导的插入导致了人类遗传疾病的报道(Hancksand Kazazian，Roles for Retrotransposon Insertions in Human Disease.2016)。在动物身上已经观察到许多由转座子插入引起的表型变化，例如SINE插入引起的体型变化和狗的毛色变化(Gray et al.The IGF1Small Dog Haplotype Is Derived from MiddleEastern Grey Wolves.2010；Clark et al.Retrotransposon Insertion in SILV IsResponsible for Merle Patterning of the Domestic Dog.2006；Murphy et al.2018)，以及ERV插入引起鸡的蛋壳颜色变化(Wang et al.An EAV-HP Insertion in 5′FlankingRegion of SLCO1B3Causes Blue Eggshell in the Chicken.2013)。在猪中也观察到两例因L1插入引起的性状变化(Giuffra et al.A Large Duplication Associated withDominant White Color in Pigs Originated by Homologous Recombination betweenLINE Elements Flanking KIT.2002；Sironen et al.L1Insertion within SPEF2Gene IsAssociated with Increased Litter Size in the Finnish Yorkshire Population2012)。

转座子插入多态(Transposon insertion polymorphism，TIP)揭示的是一个位点上的不同等位状态(即转座子的插入和缺失)，产生共显性标记。这种标记可以对特定位点有无转座子的插入进行检测，只需基因组为模板，不需要酶切、加接头等处理，利于自动化操作，特别适合大量样品的分析。TIP分子标记具有理想分子标记的诸多优点：如多态性高、共显性、基因组分布广泛、检测手段简单快速、重复性好和开发成本低等，同时检测结果带型特定、清楚便于判定，具有很高的应用价值。可应用于猪的分子辅助育种以及遗传进化分析等方面的研究。