[发明专利]一种基于RPA快速检测南方水稻黑条矮缩病毒的方法

说明书

本发明公开了一种基于RPA快速检测南方水稻黑条矮缩病毒的方法。本发明提供的引物对由序列表的序列1和序列2所示的两条引物组成。本发明保护利用所述引物对检测南方水稻黑条矮缩病毒的方法。本发明提供的方法无需依赖于精密实验仪器，操作方法简单，引物可有效扩增靶基因，具有高度的特异性，灵敏度更高，可以实现该病毒的早期快速检测，对于防控该病毒的发生与流行具有重要意义。

技术领域

本发明涉及植物保护领域，具体涉及一种基于RPA快速检测南方水稻黑条矮缩病毒的方法。

背景技术

南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus，SRBSDV)隶属于呼肠孤病毒科(Reoviridae)斐济病毒属(Fijivirus)第2组的一个新种，通过白背飞虱进行持久型传播。该病毒不仅导致水稻黑条矮缩病，还可侵染玉米导致粗缩病并造成严重产量损失。水稻、玉米、小麦、大麦及其它多种禾本科杂草是其主要天然寄主。病毒侵染植物后都被限制在韧皮部。感病稻株严重矮化，不能拔节，叶片颜色浓绿，叶尖卷曲，拔节期的病株茎节部有倒生气生须根及高节位分蘖，病株茎秆出现条状乳白色或深褐色瘤状突起。感病植株的根系生长也受到影响，须根少而短，感病严重时根系呈黄褐色。近年来该病毒蔓延之势迅猛，在我国华南、西南等稻区流行和危害，给我国南方广大稻区安全生产构成了严重威胁。

随着现代分子生物学技术的不断发展，各种基于PCR的分子检测技术由于具有灵敏、快速及特异等特点，被学者们广泛应用于病原物检测和植物病害鉴定领域。目前检测SRBSDV病毒的主要采用RT－qPCR方法，该方法通过检测病毒的核酸来证实植物病毒的存在，有着极高的灵敏度与极强的特异性，检测速度相比血清学检测法较快。但PCR方法对精密仪器的依赖性较高，需要昂贵的实验仪器如PCR热循环完成预变性、变性、退火及延伸等步骤，整个过程耗费时间长，成本高昂，不能满足经济高效检测的需求。因此摆脱精密仪器对分子检测的限制，快速、灵敏地检测该病毒对于病害防治至关重要。

近年来，等温核酸扩增技术的发展解决了传统PCR方法的局限性。重组酶聚合酶扩增(Recombinase polymerase amplification，RPA)技术即是一项由多种酶和蛋白参与，在恒定温度条件下实现核酸指数扩增的新技术，具有反应灵敏、高效、特异和操作简便的特点。目前RPA技术已经在医疗诊断、食品致病菌和转基因农作物等检测分析以及生物安全方面崭露头角，但用于植物病毒检测的报道较少。SRBSDV的发生与流行给我国南方广大稻区安全生产构成了严重威胁，因此建立成熟的快速，简便、高效的早期SRBSDV检测技术已迫在眉睫。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于RPA快速检测南方水稻黑条矮缩病毒的方法。

本发明首先保护引物对，由引物SRBSDV-F和引物SRBSDV-R组成；

所述引物SRBSDV-F为如下(a1)或(a2)：

(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；

(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；

所述引物SRBSDV-R为如下(a3)或(a4)：

(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；

(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子。

所述引物SRBSDV-F根据编码链设计；所述引物SRBSDV-R根据互补链设计。

所述引物对的用途为如下(b1)或(b2)或(b3)或(b4):

(b1)鉴定或辅助鉴定待测病毒是否为南方水稻黑条矮缩病毒；