[发明专利]基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法在审
申请号: | 201910451936.9 | 申请日: | 2019-05-28 |
公开(公告)号: | CN110452965A | 公开(公告)日: | 2019-11-15 |
发明(设计)人: | 王莹;时鹏飞 | 申请(专利权)人: | 临沂大学 |
主分类号: | C12Q1/6844 | 分类号: | C12Q1/6844;C12Q1/04;C12R1/77 |
代理公司: | 11670 北京栈桥知识产权代理事务所(普通合伙) | 代理人: | 刘亚娟<国际申请>=<国际公布>=<进入 |
地址: | 276000山东*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基因组DNA 扩增产物 粗提液 单链 连体 显色 四连体结构 特异性引物 细胞壁结构 待测样品 目的基因 目视检测 双链DNA 不对称 镰刀菌 重组酶 折叠 孵育 扩增 裂解 阴性 引物 观察 | ||
1.一种基于重组酶扩增和G-四连体DNAzyme的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)以NaOH溶液裂解待测样品细胞壁结构,得到待测样品的基因组DNA粗提液;
(2)根据目的基因设计用于进行RPA反应的特异性引物1和引物2;
(3)构建包括步骤(1)中提取分离的所述基因组DNA,步骤(2)中所述引物1和引物2的RPA扩增反应体系,进行不对称RPA反应,反应得到带有G-四连体序列的单链DNA和双链DNA扩增产物;
(4)加入Hemin、NH4+进行孵育,单链DNA 3′-末端折叠成具有G-四连体结构的DNAzyme;
(5)最后向含有所述具有G-四连体结构的DNAzyme的溶液中加入一定浓度的ABTS和H2O2,直接观察颜色是否变化,显色为绿色的样品为阳性,不显色则样品为阴性。
2.如权利要求1所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,所述基因组DNA的提取分离方法为:将所述待测样品加入0.5M NaOH、10mmEDTA进行研磨,再利用10mM Tris-Cl,1mmEDTA pH8.0的缓冲液稀释10倍,所得到的上清液为基因组DNA粗提液。
3.如权利要求1所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,所述引物1的基因序列如SEQ ID NO.1所示5′-CCCAATCCCAATCCCAATCCCTCGATTCGAGGGCCGGCCACCAGAGGATGTG-3′,引物2的基因序列如SEQ ID NO.2所示,5′-CAACACGAATCGCTTCCTGACGAAGACAGAAG-3′。
4.如权利要求1所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,步骤(3)中所述RPA扩增反应体系包括:1μL基因组DNA,25μL2x反应缓冲液,9μLdNTP(10 Mm),5μL10x碱性E-mix,2.4μL引物1(10μM),2.4μL引物2(10μM),2.5μl20x核心反应mix,2.5μL醋酸镁(280mM),46.5μL水。
5.如权利要求4所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,所述RPA扩增反应体系的反应条件为:反应温度的温度梯度为42℃-34℃或37℃-34℃,反应时间为5-30min,然后加热至85℃保持5min。
6.如权利要求1所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,所述G-四连体结构的DNAzyme的反应条件为:加入终浓度为0.6μM的Hemin和含有NH4+的缓冲溶液,所述含有NH4+的缓冲溶液内包括50mM Tris-HCl,150mM NH4Cl,pH7.9,孵育时间为60min。
7.如权利要求1所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,步骤(6)中所述ABTS的终浓度为2mM,所述H2O2的终浓度为2mM。
8.如权利要求1所述的一种基于重组酶扩增和G-四连体的层出镰刀菌目视检测方法,其特征在于,步骤(6)中所述H2O2的终浓度为2mM,所述ABTS的终浓度为2mM。
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