[发明专利]一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的方法和系统有效

专利信息
申请号: 201910458160.3 申请日: 2019-05-29
公开(公告)号: CN112011622B 公开(公告)日: 2022-12-02
发明(设计)人: 李彩霞;韩俊萍;赵蕾;江丽 申请(专利权)人: 公安部物证鉴定中心
主分类号: C12Q1/6888 分类号: C12Q1/6888
代理公司: 北京同立钧成知识产权代理有限公司 11205 代理人: 彭雪瑞;刘芳
地址: 100038 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 一种 未知 来源 个体 进行 东亚 欧洲 群体 分析 方法 系统
【权利要求书】:

1.一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的方法,其特征在于,该方法包括:

1)提取未知来源个体的DNA;

2)获得所述DNA的42个位点的基因型,所述42个位点包括40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点以及DYS439基因座和Amelogenin性别基因座,所述40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点为:rs3054057、rs112634351、rs1160852、rs145415095、rs2308036、rs10656283、rs35851958、rs2308101、rs16416、rs10612372、rs1610878、rs140847、rs143825911、rs72173922、rs5900168、rs34921138、rs111759013、rs5877023、rs35633537、rs548753180、rs17879936、rs3045215、rs34122827、rs16715、rs5789229、rs74748892、rs1160953、rs66850318、rs68050185、rs112109748、rs71425754、rs2307832、rs2308067、rs16711、rs3071043、rs3991155、rs3083306、rs2307805、rs67625332和rs1610963,所述常染色体InDel位点为常染色体插入/缺失多态性位点;采用与所述42个位点一一对应的42对扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物;所述扩增引物为序列表中SEQ ID No.1至SEQ IDNo.84的核苷酸序列;

3)根据各位点的基因型对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析;对未知来源个体的非、东亚、欧洲群体进行来源分析,包括:将所述各位点的基因型使用种族推断软件FI v1.0计算样本的群体匹配概率AMP和似然比LR;使用STRUCTURE v2.3.4软件计算人群祖先成分比例,使用CLUMPAK对STRUCTURE结果进行可视化;综合分析AMP值和祖先成分进行最终判断,当LR>100时,AMP值排第一位的人群为待测个体的来源人群,当LR≤100时,AMP的前两位人群均不排除;或采用Rv3.2.3进行主成分分析,并用R程序包ggplot2画出种族归类图。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,其中2)还包括在获得扩增产物后,使用遗传分析仪分析该扩增产物,以获得所述42个位点的基因型的步骤。

3.一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的系统,其特征在于,所述系统包括DNA提取体系,复合扩增检测体系;

所述DNA提取体系用于提取未知来源个体的DNA;

所述复合扩增检测体系用于获得所述DNA的42个位点的基因型,所述42个位点包括40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点以及DYS439基因座和Amelogenin性别基因座,所述40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点为:rs3054057、rs112634351、rs1160852、rs145415095、rs2308036、rs10656283、rs35851958、rs2308101、rs16416、rs10612372、rs1610878、rs140847、rs143825911、rs72173922、rs5900168、rs34921138、rs111759013、rs5877023、rs35633537、rs548753180、rs17879936、rs3045215、rs34122827、rs16715、rs5789229、rs74748892、rs1160953、rs66850318、rs68050185、rs112109748、rs71425754、rs2307832、rs2308067、rs16711、rs3071043、rs3991155、rs3083306、rs2307805、rs67625332和rs1610963;所述扩增引物由与所述42个位点一一对应的42对扩增引物组成;所述扩增引物为序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.84的核苷酸序列。

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