[发明专利]一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的方法和系统有效
申请号: | 201910458160.3 | 申请日: | 2019-05-29 |
公开(公告)号: | CN112011622B | 公开(公告)日: | 2022-12-02 |
发明(设计)人: | 李彩霞;韩俊萍;赵蕾;江丽 | 申请(专利权)人: | 公安部物证鉴定中心 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888 |
代理公司: | 北京同立钧成知识产权代理有限公司 11205 | 代理人: | 彭雪瑞;刘芳 |
地址: | 100038 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 未知 来源 个体 进行 东亚 欧洲 群体 分析 方法 系统 | ||
1.一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的方法,其特征在于,该方法包括:
1)提取未知来源个体的DNA;
2)获得所述DNA的42个位点的基因型,所述42个位点包括40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点以及DYS439基因座和Amelogenin性别基因座,所述40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点为:rs3054057、rs112634351、rs1160852、rs145415095、rs2308036、rs10656283、rs35851958、rs2308101、rs16416、rs10612372、rs1610878、rs140847、rs143825911、rs72173922、rs5900168、rs34921138、rs111759013、rs5877023、rs35633537、rs548753180、rs17879936、rs3045215、rs34122827、rs16715、rs5789229、rs74748892、rs1160953、rs66850318、rs68050185、rs112109748、rs71425754、rs2307832、rs2308067、rs16711、rs3071043、rs3991155、rs3083306、rs2307805、rs67625332和rs1610963,所述常染色体InDel位点为常染色体插入/缺失多态性位点;采用与所述42个位点一一对应的42对扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物;所述扩增引物为序列表中SEQ ID No.1至SEQ IDNo.84的核苷酸序列;
3)根据各位点的基因型对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析;对未知来源个体的非、东亚、欧洲群体进行来源分析,包括:将所述各位点的基因型使用种族推断软件FI v1.0计算样本的群体匹配概率AMP和似然比LR;使用STRUCTURE v2.3.4软件计算人群祖先成分比例,使用CLUMPAK对STRUCTURE结果进行可视化;综合分析AMP值和祖先成分进行最终判断,当LR>100时,AMP值排第一位的人群为待测个体的来源人群,当LR≤100时,AMP的前两位人群均不排除;或采用Rv3.2.3进行主成分分析,并用R程序包ggplot2画出种族归类图。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,其中2)还包括在获得扩增产物后,使用遗传分析仪分析该扩增产物,以获得所述42个位点的基因型的步骤。
3.一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的系统,其特征在于,所述系统包括DNA提取体系,复合扩增检测体系;
所述DNA提取体系用于提取未知来源个体的DNA;
所述复合扩增检测体系用于获得所述DNA的42个位点的基因型,所述42个位点包括40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点以及DYS439基因座和Amelogenin性别基因座,所述40个非、东亚、欧洲群体常染色体InDel位点为:rs3054057、rs112634351、rs1160852、rs145415095、rs2308036、rs10656283、rs35851958、rs2308101、rs16416、rs10612372、rs1610878、rs140847、rs143825911、rs72173922、rs5900168、rs34921138、rs111759013、rs5877023、rs35633537、rs548753180、rs17879936、rs3045215、rs34122827、rs16715、rs5789229、rs74748892、rs1160953、rs66850318、rs68050185、rs112109748、rs71425754、rs2307832、rs2308067、rs16711、rs3071043、rs3991155、rs3083306、rs2307805、rs67625332和rs1610963;所述扩增引物由与所述42个位点一一对应的42对扩增引物组成;所述扩增引物为序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.84的核苷酸序列。
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