[发明专利]一种用于HPV检测的探针及检测方法

说明书

本发明公开了一种用于HPV检测的探针及检测方法。所述探针制备过程需要进行两轮PCR反应。所述基于NGS技术的检测方法包括：制备DNA模板，片段化基因组DNA，纯化片段化产物，引进组文库构建，PCR扩增基因组文库，探针与基因组文库杂交，磁珠捕获杂交产物，对得到的捕获产物进行高通量测序并分析待测样本中是否感染HPV，HPV感染程度，HPV整合位置及致病机制等。本发明公开的探针、方法具有成本低，数据分析快捷，覆盖深度高，检测准确度高等优势，适合对HPV引起的疾病进行早期筛查和术后诊断，为个性化用药提供指导。

技术领域

本发明涉及基因工程技术领域，更具体涉及一种用于HPV检测的探针及检测方法。

背景技术

人类乳突病毒(Human Papillomavirus,HPV)是一种嗜上皮性病毒，有高度的特异性，属双链闭环的小DNA病毒，包含约8000个碱基对。HPV可以整合进入宿主细胞基因组引起宿主细胞基因组不稳定，导致染色体的倒位、易位、缺失以及重排，从而使得宿主细胞基因组结构出现异常，同时能够引起插入诱变导致宿主细胞关键抑瘤基因异常失活或瘤基因异常激活，病毒整合也能够引起宿主细胞基因组的某些区域拷贝数变异，间接影响宿主细胞某些关键瘤基因或抑瘤基因的表达水平。

HPV主要通过性接触传播，大多数人都会在性活动开始后很快就感染HPV。HPV与宫颈癌密切相关，由通过性行为感染某些特定类型的HPV引起，16型和18型两种类型的HPV引起70％的宫颈癌和宫颈癌癌前病变，HPV感染使患宫颈癌的相对危险性增加250倍。也有证据表明，HPV与肛门癌、外阴癌、阴道癌和阴茎癌有关。宫颈癌是生活在欠发达地区的妇女第二常患癌症。2012年，约有27万妇女死于宫颈癌，其中85％以上发生在低收入和中等收入国家。HPV的存在就预示着疾病的存在，提早诊断HPV感染，对清除女性生殖道的持续感染，防止其向宫颈癌演变有着重要的意义。

由于HPV至今尚不能在体外培养，又无合适的实验动物，因而对其检测主要依赖于形态学鉴定和分子生物学检测技术。目前HPV检测方法主要有组织细胞病理学检测、斑点印迹法、荧光原位杂交法、Southern杂交法、多聚合酶链反应法(Polymerase ChainReaction，PCR)和杂交捕获法等。细胞学法敏感度和特异度较低，斑点印迹法具有放射性。敏感度较高的方法有原位杂交与传统PCR法，但核酶印迹原位杂交法复杂，传统PCR法特异性很低，假阳性率较高，不宜大规模临床使用。

在CN200910156982中公开了一种HPV检测及分型方法，其采用特异性引物扩增HPVL1核酸片段；对获得的HPVL1核酸片段进行焦磷酸测序反应，将焦磷酸测序读出的序列与HPV型别序列进行比对，判断HPV分型结果。这种方法虽然特异性好、灵敏度高，但效率比较低，成本也很高。

在本领域急需效率更高，假阳性和假阴性低，检测准确度高且相对安全的HPV检测体系。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一种检测HPV的探针，该探针覆盖深度高；本发明的目的之二在于提供检测HPV的方法，该方法检测准确度高。

为实现上述发明目的，本发明提供如下技术方案：

1.一种用于HPV检测的探针，属一种RNA，其特征在于，制备过程包括以下步骤：进行两轮PCR反应，每次PCR反应后进行磁珠纯化；PCR产物质控；T7体外转录；探针纯化；探针质控、贮藏。

2.根据权利要求1所述的探针，其特征在于，是一种寡聚核苷酸。

3.根据权利要求1所述的探针，其特征在于，所述探针是从50到200个核苷酸的长度。

4根据权利要求1所述的探针，其特征在于，所述探针被生物素标记。

5.根据权利要求1所述的探针，其特征在于，生物素标记探针中的尿嘧啶。